Dans la communauté biologique, la définition des espèces a toujours été un sujet très controversé et difficile. Bien qu’une espèce soit généralement définie comme un groupe d’organismes qui se reproduisent et produisent une progéniture fertile, ce concept devient flou en réalité à mesure que les organismes évoluent. En particulier dans le cadre de phénomènes tels que l'accouplement des espèces, le transfert de gènes et les relations complexes entre les espèces, il est difficile de définir clairement les limites des espèces.
Les frontières entre espèces sont souvent affectées par la sélection naturelle et le flux génétique, et ces effets brouillent souvent les frontières entre espèces.
Selon les estimations actuelles, il existe environ 8,3 à 8,7 millions d'espèces eucaryotes sur Terre, mais en 2011, seulement 14 % environ des espèces ont été formellement décrites. La définition des espèces repose non seulement sur l’isolement biologique reproductif, mais inclut également de multiples dimensions telles que la composition cellulaire, la séquence d’ADN, les caractéristiques morphologiques et la niche écologique.
Le concept d'espèce reproductrice en biologie a été proposé par Ernst Mayr, qui a défini les espèces comme « des populations naturelles se reproduisant réellement ou potentiellement ». Cette définition a été largement reconnue. Cependant, dans de nombreuses situations pratiques, cette définition échoue souvent. Ce concept ne s'applique pas notamment dans le cas d'organismes à reproduction asexuée ou d'organismes anciens.
Il ne fait aucun doute que les frontières floues et la diversité des espèces rendent notre compréhension des êtres vivants difficile. Parce que dans de nombreux cas, il peut y avoir un échange génétique entre deux espèces apparemment différentes, brouillant encore davantage les frontières entre les espèces.
Dans le monde des microbes, les gènes vont bien au-delà de l'accouplement. Le transfert de gènes entre bactéries permet à des organismes apparemment sans lien de parenté de partager des gènes, remettant en question notre définition traditionnelle des espèces. Par exemple, certains virus illustrent ce phénomène sous la forme de « quasi-espèces », dont les combinaisons génétiques changent et se recombinent fréquemment, ce qui les rend impossibles à classer clairement en espèces traditionnelles.
Le mélange naturel remet encore plus en question les frontières entre les espèces. Par exemple, certains organismes existent séparément au sein de leur aire de répartition géographique mais sont capables de se reproduire, ce qui rend difficile de déterminer s'il s'agit d'espèces distinctes. Certaines espèces présentent simultanément plusieurs formes similaires. Ce phénomène peut être observé chez les papillons, les grenouilles et les champignons.
Ces espèces n'existent pas de manière isolée. Le flux génétique et l'adaptation environnementale entre elles brouillent encore davantage les frontières et rendent ce concept plus clair.
Avec les progrès de la technologie génétique et les changements dans les méthodes de collecte de données, les biologistes continuent de rechercher un meilleur cadre pour la compréhension des espèces. Plutôt que de s'appuyer uniquement sur les définitions traditionnelles des espèces, de nombreux experts ont commencé à préconiser le concept d'« unités taxonomiques minimales » (LITU), qui serait plus conforme aux réalités actuelles de l'évolution biologique.
Pas seulement en biologie, le concept d'espèce implique également des questions philosophiques. Les espèces ne sont pas seulement une classification biologique, mais aussi une compréhension de la vie et de l'évolution. Dans ce contexte, la définition des espèces semble être devenue un sujet d’exploration à la fois scientifique et philosophique.
Différents chercheurs ont proposé différents concepts d'espèces. Bien que certains concepts se chevauchent, à mesure que la recherche s'approfondit et que notre compréhension s'accroît, la définition des espèces reste pleine de variables.
Bien que les scientifiques aient mené de nombreuses recherches et débats sur la définition des espèces, diverses méthodes de détermination des espèces ont leurs propres avantages et inconvénients, ce qui incite les gens à réfléchir profondément. Lorsque l’on tente de classer les espèces, face à la diversité biologique et aux changements imprévisibles du processus d’évolution, faut-il repenser le concept d’espèce, voire remettre en question sa nécessité ?