Enfoque metagenómico para la caracterización del microbioma de aves corral. Revisión

Abstract

El pollo y el huevo son una fuente importante de proteina para el ser humano a nivel mundial. La produccion de estos alimentos se ha intensificado durante los ultimos anos y se preve que se produzca alrededor de 150 millones de toneladas de carne de pollo en 2020 (OCDE / FAO, 2018). Sin embargo, uno de los mayores problemas ligados a los procesos de produccion avicola lo constituyen las enfermedades infecciosas ocasionadas por microorganismos patogenos. Entre los mas relevantes se encuentran microorganismos como Salmonella ssp , Campylobacter spp , y Escherichia coli . Por lo tanto, es importante comprender los mecanismos implicados en la colonizacion de microorganismos patogenos que afectan a las aves de corral y sus interacciones con la microbiota gastrointestinal las cuales son clave en la mejora de la absorcion de nutrientes y el fortalecimiento del sistema inmune, que influye en el crecimiento, el bienestar y la salud de las aves de corral. Sin embargo, hay poca informacion relacionada con la microbiota gastrointestinal de pollos parrilleros y gallinas productoras de huevo. Hasta hace poco, la caracterizacion se limitaba a los microorganismos que podian recuperarse a traves de cultivos tradicionales. Por lo anterior, en el ultimo tiempo se ha intensificado el uso de tecnicas moleculares, entre las que se destaca la metagenomica, la cual ofrece una alternativa para una mejor comprension de las interacciones bacterianas, la\xa0 identificacion de genes de resistencia a los antibioticos, identificacion de elementos geneticos moviles, y el diseno de estrategias para intervenciones mas efectivas con el objetivo de romper la cadena de transmision de microorganismos patogenos durante el ciclo de produccion avicola. En esta revision, se describen los principales enfoques metagenomicos para el estudio de microbiomas de aves de corral, las tecnicas de secuenciacion y herramientas bioinformaticas usadas para su caracterizacion.