ANALISIS GENETIK GEN NONSTRUKTURAL 3 DENGUE VIRUS SEROTYPE 4 STRAIN INDONESIA

Abstract

Demam Berdarah Dengue (DBD) adalah penyakit yang disebabkan virus dengan vektor nyamuk yang paling cepat menyebar di dunia. Penyebab DBD\xa0 adalah virus RNA famili flaviviridae yang disebut virus dengue (DENV). Genom DENV terdiri dari tiga protein struktural yaitu capsid (C), protein membran (prM), dan protein envelop (E) serta tujuh gen protein nonstuktural yaitu NS1, NS2a, NS2b, NS3, NS4a, NS4b, dan NS5. Protein\xa0 NS3 mengandung epitop yang dapat dikenali oleh sistem imun humoral maupun selular oleh karena itu protein NS3 merupakan target potensial bagi pengembangan vaksin dengue. Penelitian ini diawali dengan sekuensing pada gen NS3\xa0 DENV-4 IDS 96/10. Dari hasil\xa0 sekuensing dilakukan analisis filogenetik dan analisis epitop. Analisis filogenetik\xa0 menunjukkan\xa0 gen NS3 IDS 96 /10 berada dalam satu clade dengan strain yang diisolasi dari Cina (2010), Singapura (2010) dan Thailand (2000). Pada gen NS3 DENV-4 IDS 96/10 terdapat epitop yang dapat dikenali oleh sel limfosit T CD4+ yaitu epitop #3 pada posisi asam amino (213-227) , #9A(243-257), #4(251-265), #5(258-272), # 6(266-280), #7(273-287) yang mempunyai urutan asam amino sama antar strain yang dibandingkan. Pada posisi epitop #8(281-295) terdapat variasi urutan asam amino. Asam amino pada posisi 500-508 dikenali oleh sel limfosit T CD8+ mempunyai urutan yang sama antar strain yang dibandingkan, dan asam amino pada posisi 526-531yang dikenali oleh limfosit B mempunyai urutan asam amino yang sama antar strain yang dibandingkan. Pengenalan epitop-epitop\xa0 tersebut oleh limfosit T dan limfosit B menjadi dasar pengembangan vaksin khususnya vaksin yang khusus untuk strain Indonesia. \nDOI :\xa010.35990/mk.v3n1.p13-24