Language
Country/Area
No result found
Avanço na pesquisa do câncer: como o método DeMix muda nossa compreensão da pureza do tumor?
Com o rápido desenvolvimento da investigação sobre o cancro, os cientistas estão constantemente à procura de novas ferramentas e métodos para compreender profundamente as características biológicas dos tumores. O nascimento do método DeMix é uma manifestação importante deste esforço. Esta abordagem estatística pode decompor transcriptomas mistos de câncer e prever com precisão a proporção de amostras de células tumorais e estromais, aprofundando assim nossa compreensão da pureza do tumor.
“A alta heterogeneidade das amostras de tumores não só complica a análise dos dados genômicos do câncer, mas também pode levar a vieses.”
De acordo com a pesquisa de Ahn et al., o método DeMix considera principalmente quatro situações possíveis, sejam amostras tumorais e normais correspondentes ou amostras não correspondentes, e pode prever com eficácia a proporção de células tumorais em amostras mistas. Este trabalho é de grande interesse porque dentro de amostras de tumores existem frequentemente múltiplas populações clonais de células cancerígenas juntamente com tecido normal adjacente, estroma e células imunes infiltrantes.
Para eliminar eficazmente esta heterogeneidade, os investigadores do cancro finalmente encontraram a nova ferramenta DeMix. Este método usa primeiro um modelo linear misto para calcular a proporção relativa de células cancerígenas e células normais na amostra total. Do ponto de vista prático, a alta heterogeneidade das amostras tumorais enfatiza a importância de estimar a pureza do tumor ao realizar a análise de dados. Pureza refere-se à porcentagem de células cancerígenas em uma amostra de tumor, e a precisão deste parâmetro é crítica para resultados de análises subsequentes.
"O método DeMix mostra que, ao analisar dados de microarranjos, é mais importante usar dados brutos como entrada para fazer previsões do que dados processados."
O DeMix opera partindo do pressuposto de que a amostra mista consiste em apenas dois tipos de células, células cancerígenas e células normais. Para células normais, os pesquisadores usam dados externos para estimar com precisão os perfis de expressão dos genes de referência. Isto significa que mesmo que a expressão genética específica das células cancerosas não seja observada na amostra do tumor, ela pode ser efetivamente inferida a partir dos dados das células normais.
Em termos de aplicações específicas, o método DeMix precisa atender a certas condições, especialmente ao processar dados genômicos de alto rendimento. O processo começa com a previsão das proporções do tumor através do princípio da estimativa da máxima verossimilhança, seguido pela inferência detalhada de genes individuais. O modo de operação de dois estágios do DeMix traz novas possibilidades para a análise histórica da pureza do tumor.
"A proposta deste novo método irá melhorar o modelo de dados para análise da composição celular em tumores e estabelecer as bases para a prática clínica e tratamento personalizado."
Vale a pena notar que a aplicabilidade universal do método DeMix beneficia das suas capacidades flexíveis de processamento de dados. Ele não apenas considera a situação de diferentes genes de referência, mas também pode se adaptar a diferentes desenhos de amostras. Embora o algoritmo exija pelo menos um gene de referência, recomenda-se usar de cinco a dez genes para reduzir o impacto de valores discrepantes, o que também permite aos pesquisadores obter resultados de inferência mais precisos.
Ao distinguir com precisão as células cancerosas das células normais, o DeMix não apenas melhora a precisão da estimativa da pureza do tumor, mas também cria uma nova direção para futuras pesquisas genômicas de tumores. Mostra grande potencial, tanto na previsão da resposta do tumor ao tratamento como no monitoramento da progressão do câncer.
"O desenvolvimento do DeMix nos faz entender mais uma vez a importância da análise abstrata de dados na pesquisa do câncer."
No futuro, com a ajuda do método DeMix, os cientistas poderão analisar mais profundamente a heterogeneidade dos tumores e fornecer opções de tratamento mais personalizadas. Isso significa que haverá uma mudança fundamental na forma como entendemos e tratamos o câncer?
