Сегодня, в связи с быстрым развитием наук о жизни, область исследований РНК привлекает все больше внимания. Транскриптом — общий термин для всех транскриптов РНК, как кодирующих, так и некодирующих, — играет ключевую роль в понимании экспрессии генов и функций клеток. Развитие этой области сформировало наше понимание жизненных процессов, но почему транскриптом так важен? р>
Слово транскриптом происходит от сочетания слов «транскрипция» и «геном» и обозначает совокупность всех транскриптов РНК в определенном организме. Процесс транскрипции имеет решающее значение, поскольку он транскрибирует генетическую информацию из ДНК в РНК, которая, в свою очередь, производит соответствующий белок. Этот процесс осуществляется РНК-полимеразой, и начало ее работы зависит от вмешательства факторов транскрипции. р>
Исследования транскриптома выявили важную информацию о многих биологических процессах, включая клеточную дифференцировку, канцерогенез и регуляцию транскрипции. р>
Еще в 1980-х годах ученые начали использовать библиотеки кДНК для аннотирования транскриптомов. С развитием высокопроизводительных технологий сбор данных стал быстрее и эффективнее. Секвенирование РНК быстро превратилось в основной метод с 2010-х годов, заменив раннюю технологию ДНК-микрочипов и став основным методом исследования транскриптома. р>
Весь транскриптом можно условно разделить на три типа РНК: кодирующая РНК (мРНК), длинная некодирующая РНК (днРНК) и малые РНК, такие как микроРНК и миРНК. Эти транскрипты не только участвуют в синтезе белка, но и играют важную роль в регуляторных процессах клеток. р>
В настоящее время в транскриптомике в основном используются две технологии: ДНК-микрочипы и РНК-секвенирование. Эти методы позволяют исследователям собирать данные транскриптома в определенные моменты времени и помогают расшифровать качество РНК и ее относительную экспрессию. Транскриптомика отдельных клеток (scRNA-seq) позволяет исследователям получить глубокое представление об изменениях транскрипции в отдельных клетках, обеспечивая более подробный анализ клеточной линии. р>
Секвенирование РНК отдельных клеток выявляет транскрипционные изменения между различными типами клеток, помогая понять развитие клеток. р>
Транскриптомика имеет широкий спектр применения, включая, помимо прочего, оценку безопасности лекарственных препаратов, обнаружение биомаркеров и даже ее роль в эволюции растений. Например, ученые используют данные транскриптома для отслеживания генетических изменений в раковых клетках с целью поиска возможных способов подавления канцерогенеза, что привлекает широкое внимание в регенеративной медицине и прецизионной медицине. р>
Ожидается, что благодаря технологическому прогрессу транскриптомика будет играть все большую роль в науках о жизни. Мы живем в эпоху изобилия ресурсов, огромного массива общедоступных баз данных и новых вычислительных инструментов. Однако по мере увеличения объема данных эффективный анализ и интерпретация этих данных станет важной задачей в будущем. р>
Транскриптомика открывает новые перспективы для понимания биологических систем, но задумывались ли вы когда-нибудь, какая история жизни скрыта в вашем собственном транскриптоме? р>