Trong lĩnh vực khoa học sinh học, việc nghiên cứu cây gen đang dần hé lộ bí ẩn về quá trình tiến hóa của sự sống. Thông qua phương pháp phát sinh loài phân tử, các nhà khoa học sử dụng sự khác biệt về phân tử di truyền trong trình tự DNA để hiểu sâu hơn về mối quan hệ tiến hóa giữa các loài khác nhau. Phân tích này không chỉ giúp chúng ta hiểu rõ hơn về đa dạng sinh học mà còn giúp chúng ta vẽ nên cây tiến hóa khổng lồ và khám phá nguồn gốc sự sống.
Phát sinh loài phân tử cung cấp một công cụ mạnh mẽ để xác định lại sự phân loại và tiến hóa của sinh vật bằng cách phân tích DNA.
Khung lý thuyết về phát sinh loài phân tử có từ những năm 1960, khi các nhà khoa học bắt đầu khám phá việc sử dụng dữ liệu phân tử để giải thích mối quan hệ giữa các loài. Emile Zuckerkandl, Emanuel Margoliash, Linus Pauling và Walter M. Fitch cùng nhiều người khác đã mở đường cho lĩnh vực này. Sau đó, nghiên cứu về cú, bò sát và vượn dần dần mở rộng phạm vi ứng dụng của lĩnh vực này. Đặc biệt là trong giai đoạn 1974-1986, công nghệ lai DNA-DNA đã trở thành phương pháp chính thống để đo lường sự khác biệt về di truyền.
Phát sinh loài phân tử ban đầu, còn được gọi là phân loại hóa học, tập trung vào việc phân lập và mô tả đặc điểm của protein, enzyme và các phân tử khác. Tuy nhiên, với sự ra đời của công nghệ giải trình tự DNA, phương pháp này đã dần được thay thế. Giải trình tự DNA không chỉ có thể xác định chính xác thứ tự sắp xếp nucleotide mà còn cho thấy mô hình thay đổi trong quá trình tiến hóa. Mặc dù phân tích trình tự toàn bộ bộ gen vẫn còn cồng kềnh và tốn kém, nhưng phân tích trình tự trong các vùng nhiễm sắc thể cụ thể đã trở nên khả thi hơn.
"Sự thay đổi trong trình tự gen phản ánh lịch sử tiến hóa lâu dài của các loài."
Mọi sinh vật sống đều chứa axit deoxyribonucleic (DNA) và axit ribonucleic (RNA). Thông thường, các loài có quan hệ gần gũi thường có cấu trúc phân tử tương đồng cao. Đồng hồ phân tử cho rằng thời gian phân kỳ của các loài có thể được ước tính bằng cách tích lũy các đột biến. Kể từ khi phát minh ra phương pháp giải trình tự Sanger vào năm 1977, các nhà khoa học đã có thể phân tích và xác định cấu trúc phân tử trong các sinh vật sống. Với sự phát triển của công nghệ giải trình tự thông lượng cao, các ứng dụng mới như mã vạch DNA và dấu vân tay di truyền đã dần trở nên cụ thể. Các công nghệ này có ý nghĩa to lớn đối với việc xác định loài và y học pháp y.
Thực hiện phân tích phát sinh loài phân tử thường bao gồm năm bước chính. Bước đầu tiên là thu thập trình tự, sau đó là căn chỉnh nhiều trình tự, đây là cơ sở để xây dựng cây gen. Bước thứ ba là lựa chọn mô hình thay thế axit amin và DNA phù hợp. Cuối cùng, cấu trúc cây được thiết lập theo các phương pháp khác nhau và độ tin cậy của cây được đánh giá. MEGA là phần mềm phân tích miễn phí được sử dụng rộng rãi có thể giúp các nhà nghiên cứu thực hiện các phân tích này một cách hiệu quả và cung cấp kết quả đáng tin cậy cho nghiên cứu phát sinh loài phân tử.
"Bằng cách phân tích sự khác biệt về mặt di truyền, chúng ta có thể mô tả mối quan hệ phức tạp giữa các loài."
Mặc dù sự phát triển của ngành phát sinh loài phân tử đã cung cấp những công cụ mạnh mẽ, nhưng nó cũng có những hạn chế. Cách tiếp cận này dựa trên giả định rằng phân loại phải phù hợp với các mối quan hệ tiến hóa, điều này làm cho việc tái tạo cây phát sinh loài tối ưu trở nên khó khăn. Ngoài ra, việc phát hiện ra quá trình chuyển gen theo chiều ngang thách thức các phương pháp phát sinh loài phân tử truyền thống, chỉ ra rằng các gen khác nhau trong cùng một sinh vật có thể có cây tiến hóa khác nhau. Điều này đòi hỏi các nhà khoa học phải thận trọng hơn khi tiến hành phân tích và xem xét tất cả các biến số có thể xảy ra.
Phần kết luậnVới sự tiến bộ của khoa học và công nghệ, ngành phát sinh chủng loại phân tử đang dần mở ra hành trình khám phá của chúng ta vào một loạt các vấn đề phức tạp trong quá trình tiến hóa của sự sống. Thông qua phân tích trình tự DNA, chúng ta có thể thoáng thấy những bí ẩn sâu xa trong lịch sử sự sống và hiểu sâu hơn về sự hình thành và thay đổi của đa dạng sinh học. Trong tương lai, liệu chúng ta có thể sử dụng những công nghệ này để dự đoán tốt hơn xu hướng tiến hóa của các loài và tác động của những thay đổi về môi trường hay không?