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基因组还是转录组？选择合适组装方法的关键差异！
随着新兴测序技术的发展，转录组的研究已经进入了一个全新的时代。尤其在2008年至2012年间，测序成本的显著下降让许多非模式生物也有机会进行转录组的组装与分析。这变化超越了寻找特定生物的表型变异，让我们能够更全面地理解地球上生命的多样性与生物学机制。
「转录组组装的最大好处在于其具备揭示新蛋白质及其亚型的潜力，这些蛋白质或许在特定的生物现象中扮演着关键角色。」
转录组的组装方法主要分为两种：de novo组装与基于参考的组装。对于那些尚未建立完整基因组的非模式生物，de novo转录组组装显然是更加合适的选择。这种方法不依赖于先前的基因组序列，让研究人员能够探索未知的基因转录信息。
de novo vs. 基于参考的组装
在过去，转录组数据的分析主要依赖于对照已有的参考基因组。然而，这种方法未必能涵盖所有的mRNA结构变异，尤其是当涉及到交替剪接时，许多转录变体可能因无法不连续地映射到基因组而被错过。因此，即使有参考基因组，进行de novo 组装仍然是必要的，因为新的组装可以恢复那些在参考基因组中缺失的转录本。
转录组与基因组的组装
转录组的覆盖深度可以直接反映基因的表达水平，而基因组的覆盖深度则通常会受重复序列的影响。此外，转录组组装面对的最大挑战之一就是同一基因中不同的转录变体可能共享外显子，这让它们的辨识变得更加复杂。
转录组组装的方法
RNA-seq
RNA的提取和纯化后，样本会送至高通量的测序设施进行反转录，得到cDNA文库。根据不同的平台，这些cDNA会被切割成特定长度，然后利用不同的技术进行测序，包括454测序、Illumina和SOLiD等。
组装算法
转录本的序列数据会用短读长转录组装程序来组装成转录本。由于转录本可能相似但存在氨基酸变异，这些变异可以反映不同的蛋白质亚型。很多组装程序可以用来进行这一过程，不过转录组组装面临许多独特的挑战。
「大多数短读长组装器遵循两种基本算法：重叠图和de Bruijn图，其中de Bruijn图由于计算需求相对较低而更受青睐。」
功能注释
对于组装好的转录本进行功能注释，可以深入了解其潜在的生物学功能。使用如Blast2GO的工具，可以对未注释的序列数据进行基于基因本体论的挖掘。此过程可以帮助识别转录本所参与的生物过程及其分子功能。
验证与质量控制
由于能够得到良好参考基因组的情况十分少见，因此需要通过将组装序列与原始读取进行对比来验证其品质。短序列的过滤也是必要的，因为这些短序列通常无法有效折叠形成功能蛋白。
组装器的选择
在市面上，有许多的组装软体可以用于生成转录组。例如，SOAPdenovo-Trans和Trinity等工具各有特点，这些程序不仅能够高效地组装转录本，还能解释不同的剪接事件和基因表达量。
在这个快速发展的领域中，基因组还是转录组的组装方法选择，最终取决于研究者的需求与所研究生物的特性。每种方法都有其优缺点，研究者是否已经选择了一条最适合自己所需的研究道路呢？
