在深奥的生命科学领域中,科学家们一直在探索细菌等微生物所需的必要基因。这些基因被视为生命的基石,对于细菌在特定环境中生长与繁殖是必不可少的。然而,某个基因的必需性却常常取决于其生活的环境。例如,若细菌的唯一能量来源是淀粉,则厂码(基因)用来消化淀粉就变得至关重要。近期,系统性的研究致力于识别那些在各式条件下仍然必不可少的基因,或许这能为我们揭示生命行为的深层机制。
研究显示,细菌生存所必需的基因数量大约是在250到300之间。
这些基因主要负责三项基本功能:遗传信息处理、细胞膜结构以及能量产生。它们的功能确保了细胞的基本代谢过程能够顺利运作,包括DNA的复制、基因转录成为蛋白质、基本细胞结构的维护,以及细胞内外物质的运输过程。相较于单细胞生物,多细胞生物的必需基因数量往往更多,这些基因往往涉及到细胞之间的沟通及发展过程。
对于病毒而言,其必需基因则主要与遗传信息的处理及维护相关。与多数单细胞生物不同,病毒缺乏许多代谢所需的必需基因,使得它们必须「劫持」宿主的代谢系统来生存。大多数基因并非必需,但可以提供选择优势及增强适应性,因此,绝大多数基因实际上不是必需的,在大多数情况下,许多基因的删除并不会产生明显影响。
目前,一个主要方法来鉴定细菌的必需基因是透过基因的定向删除和随机突变。定向删除是指系统性地从基因组中完全删除已被注解的单个基因,而随机突变则是透过转位子随机插入基因组中的多个位置,以干扰目标基因的功能。这样的插入突变体若能生存并生长,就代表插入的基因并非生存所必需的。
例如,藉由CRISPR技术,基因的必需性也能透过基因表达的抑制来确认。
基于全基因组实验研究及系统生物学分析,研究者们建立了基因必需性数据库,预测超过4000种细菌的必需基因。这些丰富的数据协助科学家更深入了解细菌的代谢需求及其如何适应不断变化的环境。
在酵母菌Saccharomyces cerevisiae中,有15-20%的基因被确认为必需基因。在另一种酵母菌Schizosaccharomyces pombe中,已建构了98.4%的四千九百多个蛋白质编码基因的功能性缺失突变,其中1260个被证实为必需。然而,在其他多细胞生物如哺乳类的研究中,由于技术挑战,显示的结果不够明确,但在一些模式生物中如线虫C. elegans、果蝇及斑马鱼等已开发出各种方法进行基因必需性分析。
研究进一步显示,病毒如人类巨细胞病毒所需的41个必需基因多数集结于病毒基因组的中间部分,而随机的非必需基因则多在两端。这样的结果反映出不同类型的生物对于基因的依赖性有着显著差异。
通过合成致死性分析与条件必需性概念,我们能够了解到基因的功能并不仅有一种可能。
在这些研究中,有学者提出了合成致死性与条件必需性这两个概念,前者指的是某些基因在单独突变时不会致死,但当两者都突变时会导致细胞死亡的现象;而后者则是某些基因在特定环境下才会变得必要,这又带出了基因对环境适应性的重要性。
许多基因在基因组内会出现重复,而这些重复可能会导致某些基因变得非必需。此外,一些生物可能会发展出替代的代谢途径来合成相同的产物,导致原本被视为必要的基因在特定条件下却不再被视为必需。
整体而言,基因的必需性涉及到环境因素、基因的重复以及生物体的进化路径,这让我们不禁思考,如果基因的必要性是如此脆弱,那么在未来的研究中,基因与环境之间的关系将会变得更加复杂,我们是否能够完全揭示基因所承载的生命奥秘呢?