在生物學和生物技術日益發展的今天,科學家們越來越認識到蛋白質結構在揭示其功能和進化歷史方面的重要性。儘管傳統上序列相似性被視為推斷蛋白質同源性的一種主要方法,但結構相似性的指標顯示出更高的可靠性,特別是當涉及到蛋白質超家族的分類時。
蛋白質超家族是推斷共同祖先的最大分組,這種關係通常是通過結構比對來推斷的,即使在序列上沒有顯而易見的相似性。
蛋白質超家族的識別依賴於多種方法。透過結構相似性,可以辨識出許多演化上相近的蛋白質成員,而即使它們在序列上完全不同,這些蛋白質的功能和催化機制可能仍然是保守的。
結構比序列更具演變保守性。這意味著即使是經歷了漫長的進化過程,具有高度相似結構的蛋白質,其氨基酸序列可能完全不同。這在生物學上引起了極大的關注,因為許多生物研究都基於序列分析來推斷蛋白質的功能和來源。
蛋白質的次級結構元素和三級結構特徵通常會高度保守,而許多催化機制在蛋白質超家族中也是一種保守現象,即使底物特異性可能有很大的不同。
據估計,約有66%至80%的真核生物蛋白質擁有多個結構域,而這些結構域也通常混合在一起,形成所謂的“領域架構”。這意味著,雖然簡單的序列比較可能無法揭示這些蛋白質的存在關係,但結構比較卻顯示出了它們之間隱含的關聯性。
蛋白質超家族展現了科學家們對於共同祖先的理解和研究的最新進展。這些超家族代表了根據直接證據可以識別的最大演化分組,其中一些成員在所有生命王國中都有出現,表明這些超家族的祖先存在於所有生命的最後共同祖先(LUCA)中。
與同一物種中的蛋白質相比,超家族成員之間的基因重複現象(平行性)更常見,這使得通過結構相關性來研究基因的起源變得更加可行。
當然,儘管結構相似性提供了多方面的見解,但是在某些情況下,結構相似的蛋白質之間卻不會顯示出明顯的序列相似性,這進一步使得蛋白質結構相較於序列成為一個更上一層樓的分析工具。
隨著蛋白質結構研究技術的進步,科學界正逐步認識到結構在解釋蛋白質功能、進化和相互動作中的重要性,這為基因組學提供了重要的補充資料。面對未來,在研究世界上數以千計的不同蛋白質時,我們是否應該更多地關注它們的結構而非序列?