En el mundo médico actual, existen diversas formas de diagnosticar enfermedades infecciosas, entre las cuales la tradicional prueba de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) siempre ha sido una herramienta importante en la que confían los médicos y los laboratorios. Sin embargo, con el avance de la tecnología, la aparición de la genómica metabólica clínica (mNGS) ha demostrado gradualmente sus ventajas sobre la PCR tradicional, especialmente cuando las pruebas de PCR no pueden proporcionar resultados claros en algunos casos.
mNGS es una tecnología avanzada de secuenciación genética que permite el análisis exhaustivo del material genético microbiano y del huésped a partir de muestras clínicas sin necesidad de conocimientos previos de patógenos específicos. Las pruebas de PCR tradicionales a menudo se basan en la identificación previa de un patógeno específico, lo que dificulta el diagnóstico en los casos en que el patógeno es desconocido.
En comparación con la PCR, la mNGS utiliza un método de análisis imparcial y puede identificar todos los patógenos potenciales mediante la secuenciación de todos los genomas de la muestra. Esta característica hace que la mNGS sea particularmente importante cuando se trata de infecciones cuya causa es incierta, especialmente después de que el paciente haya experimentado múltiples pruebas de PCR negativas. Ventajas y escenarios de aplicación de los mNGSLa sensibilidad y especificidad de las pruebas de PCR tradicionales se ven afectadas por muchos factores, incluida la concentración del patógeno, la calidad de la muestra y la presencia de inhibidores.
Con mNGS, los médicos pueden obtener información completa sobre la causa de una infección en una sola prueba. No sólo puede identificar rápidamente virus, bacterias, hongos y parásitos, sino también detectar múltiples infecciones simultáneamente. Los estudios han demostrado que la mNGS es más eficaz que los métodos tradicionales para diagnosticar enfermedades como la meningitis, la mielitis y la neumonía grave.
Limitaciones de la PCR tradicionalLa prueba mNGS de muestras de LCR puede revelar patógenos que las pruebas tradicionales no detectan, lo cual es fundamental para seleccionar opciones de tratamiento.
Aunque la tecnología de detección por PCR ha avanzado mucho, todavía tiene sus limitaciones. En primer lugar, las pruebas de PCR requieren cebadores específicos y, si el patógeno no ha sido identificado previamente, es posible que la PCR no lo detecte. Además, el ruido de fondo, la calidad de la muestra y el funcionamiento inadecuado pueden generar resultados falsos negativos. Esto es particularmente evidente en dos situaciones: cuando el valor Ct del patógeno es alto y en casos cuestionables.
El proceso mNGS incluye adquisición de muestras, extracción de ARN/ADN, secuenciación de alto rendimiento y análisis bioinformático. Cada paso de esta serie de procesos requiere precisión y limpieza para evitar la contaminación. Especialmente durante las etapas de extracción de muestras y preparación de la biblioteca, a menudo es necesario centrarse en eliminar el ruido de fondo para mejorar la precisión de detección de señales de patógenos.
La tecnología de secuenciación de alto rendimiento permite que una sola prueba genere una gran cantidad de datos, lo que proporciona una garantía para el análisis e interpretación de datos posteriores.
A medida que el problema de la resistencia a los antibióticos se vuelve cada vez más grave, el uso de la tecnología mNGS para detectar variaciones genéticas en la resistencia microbiana se ha convertido en una importante dirección de investigación. mNGS puede revelar la diversidad de genes resistentes a los medicamentos y ayudar a descubrir nuevos mecanismos de resistencia a los medicamentos.
Además, el mNGS también ha demostrado un gran potencial en el monitoreo de epidemias, especialmente en las primeras etapas de la respuesta epidémica; su capacidad para identificar patógenos potenciales en primer lugar lo convierte en una herramienta de vanguardia para el monitoreo de la salud pública.
Aunque la mNGS se está convirtiendo gradualmente en un nuevo estándar diagnóstico, su penetración clínica aún es insuficiente y enfrenta desafíos como el costo, la validación de laboratorio y el análisis de datos. En el futuro, se necesitan más estudios clínicos para verificar su aplicación específica. Al mismo tiempo, con la mejora continua de la tecnología y el establecimiento de estándares relevantes, se espera que mNGS se convierta en una herramienta convencional para el diagnóstico clínico.
En este proceso, también debemos pensar si las herramientas de diagnóstico tradicionales pueden seguir respondiendo a los desafíos de los nuevos patógenos que puedan surgir en el futuro, o si se deberían adoptar más ampliamente nuevas tecnologías como mNGS para revelar la verdad.