Ángel T. Martínez

The Paleozoic Origin of Enzymatic Lignin Decomposition Reconstructed from 31 Fungal Genomes

Dating Wood Rot Specific lineages within the basidiomycete fungi, white rot species, have evolved the ability to break up a major structural component of woody plants, lignin, relative to their non–lignin-decaying brown rot relatives. Through the deep phylogenetic sampling of fungal genomes, Floudas et al. (p. 1715; see the Perspective by Hittinger) mapped the detailed evolution of wood-degrading enzymes. A key peroxidase and other enzymes involved in lignin decay were present in the common ancestor of the Agaricomycetes. These genes then expanded through gene duplications in parallel, giving rise to white rot lineages. The enzyme family that enables fungi to digest lignin expanded around the end of the coal-forming Carboniferous period. Wood is a major pool of organic carbon that is highly resistant to decay, owing largely to the presence of lignin. The only organisms capable of substantial lignin decay are white rot fungi in the Agaricomycetes, which also contains non–lignin-degrading brown rot and ectomycorrhizal species. Comparative analyses of 31 fungal genomes (12 generated for this study) suggest that lignin-degrading peroxidases expanded in the lineage leading to the ancestor of the Agaricomycetes, which is reconstructed as a white rot species, and then contracted in parallel lineages leading to brown rot and mycorrhizal species. Molecular clock analyses suggest that the origin of lignin degradation might have coincided with the sharp decrease in the rate of organic carbon burial around the end of the Carboniferous period.

Biodegradation of lignocellulosics: microbial, chemical, and enzymatic aspects of the fungal attack of lignin

Reinforcement learning (RL) is a common paradigm for learning tasks in robotics. However, a lot of exploration is usually required, making RL too slow for high-level tasks. We present V-MIN, an algorithm that integrates teacher demonstrations with RL to learn complex tasks faster. The algorithm combines active demonstration requests and autonomous exploration to find policies yielding rewards higher than a given threshold Vmin. This threshold sets the degree of quality with which the robot is expected to complete the task, thus allowing the user to either opt for very good policies that require many learning experiences, or to be more permissive with sub-optimal policies that are easier to learn. The threshold can also be increased online to force the system to improve its policies until the desired behavior is obtained. Furthermore, the algorithm generalizes previously learned knowledge, adapting well to changes. The performance of V-MIN has been validated through experimentation, including domains from the international planning competition. Our approach achieves the desired behavior where previous algorithms failed.Trabajo presentado a las XXI Jornadas de la Asociacion de Economia de la Educacion, celebradas en Oporto (Portugal) del 5 al 6 de Julio de 2012.Resumen del trabajo presentado al Eleventh International Symposium on Hyphenated Techniques in Chromatography and Hyphenated Chromatographic Analyzers and International Symposium on Hyphenated Techniques for Sample Preparation celebrados en Brujas (Belgica) del 26 al 29 de enero de 2010.Resumen del trabajo presentado al 1st Iberian Meeting on Separation Sciences and Mass Spectrometry (XIX Conference of the Spanish Society of Chromatography and Related Techniques - IX Conference of the Spanish Society of Mass Spectrometry - VI Conference of the Mass Spectrometry Group of the Portuguese Society of Chemistry), celebrado en Santiago de Compostela del 8 al 11 de octubre de 2019.La presente Tesis aborda el estudio de la oxifuncionalizacion enzimatica de diferentes compuestos alifaticos lineales (acidos grasos, alcoholes grasos y alcanos/alquenos) y ciclicos (esteroides y secosteroides), catalizada por diferentes peroxigenasas fungicas (en presencia de H2O2 como co-sustrato) incluyendo las peroxigenasas salvajes de Agrocybe aegerita (AaeUPO) y Marasmius rotula (MroUPO) y la peroxigenasa recombinante de Coprinopsis cinerea (rCciUPO). La evaluacion de la conversion de los distintos sustratos asi como la identificacion de los productos de reaccion se llevo a cabo mediante Cromatografia de Gases acoplada a Espectrometria de Masas (GC-MS) y en algunos casos Resonancia Magnetica Nuclear (RMN). Por otro lado, el mecanismo de reaccion de dichas oxifuncionalizaciones enzimaticas se estudio utilizando H2 18O2 como cosustrato. Finalmente, con el objeto de investigar diferentes aspectos de las relaciones estructura-funcion de las peroxigenasas se realizaron estudios computacionales utilizando el programa PELE (Protein Energy Landscape Exploration). En terminos generales, las peroxigenasas fungicas AaeUPO y rCciUPO catalizaron la oxifuncionalizacion selectiva de los diferentes compuestos alifaticos lineales estudiados. Se observo que rCciUPO resulto ser mas eficiente que AaeUPO hidroxilando los diferentes acidos grasos (saturados e insaturados) ya que consiguio mayor grado de conversion de los sustratos (en las mismas condiciones de reaccion) aunque con ambas enzimas se observo que dicho grado de conversion dependia de la longitud de la cadena del acido graso. Por otro lado, ambas enzimas dieron lugar a los mismos productos de reaccion que fueron principalmente derivados monohidroxilados (en las posiciones ɷ-1 y ɷ -2) de los acidos grasos, tanto saturados como insaturados. Sin embargo, con el acido miristoleico, se observo una estricta regioselectividad en las reacciones de ambas enzimas formandose exclusivamente el isomero monohidroxilado en la posicion ɷ -2. Se estudiaron ademas, las reacciones de varios esteres de acidos grasos con las enzimas AaeUPO y rCciUPO observandose tambien la formacion de derivados monohidroxilados en las posiciones ɷ -1 y ɷ -2. En cuanto a los alcoholes grasos, ambas enzimas fueron capaces de transformar estos compuestos en igual medida. Como productos principales de la reaccion se obtuvieron los acidos grasos correspondientes, asi como derivados hidroxilados en las posiciones ɷ -1 y ɷ -2 de los alcoholes y de los acidos. En las reacciones enzimaticas ealizadas con los alcanos se obtuvieron diferentes productos monohidroxilados en las posiciones ɷ -1 y ɷ -2, y dihidroxilados en las posiciones 2,( ɷ -1); 2,( ɷ -2) y 3, (ɷ -2). Se observo que la predominancia de los derivados mono- o dihidroxilados esta relacionada con la concentracion de acetona presente en el medio de reaccion. Cabe mencionar que la obtencion enzimatica de dioles a partir de alcanos reviste gran interes industrial y se deposito una patente internacional (WO 2013/004639 A2) que se ha incluido en la Tesis. Por otro lado, tambien se estudio la oxifuncionalizacion selectiva de diferentes compuestos esteroidales (esteroles libres y esterificados, y cetonas e hidrocarburos esteroidales) por las peroxigenasas rCciUPO, AaeUPO y MroUPO. En general se observo una mayor reactividad de la rCciUPO (seguida de AaeUPO) que de la MroUPO frente la mayoria de estos compuestos esteroidales, excepto con el pregnano (que solo fue hidroxilado por la MroUPO). La hidroxilacion catalizada por estas peroxigenasas tuvo lugar en la cadena lateral (principalmente en la posicion C-25) en la mayoria de los compuestos estudiados. Solo se observo hidroxilacion en el anillo (ademas de en la cadena lateral) en los compuestos esteroidales con dobles enlaces conjugados en C-3 y C-5 (ademas de en el pregnano). En esta Tesis se ha demostrado la hidroxilacion regioselectiva de la vitamina D (vitamina D3 y D2) por las peroxigenasas rCciUPO y AaeUPO, en la posicion C-25. La hidroxilacion de estos secosteroides reviste gran interes industrial ya que ademas de que la reaccion trascurre con una alta regioselectividad en todos los casos (100% con rCciUPO) la 25-hidroxitamina D se considera mejor agente terapeutico para diferentes enfermedades que la propia vitamina D y tambien tiene aplicacion en alimentacion animal. Con el fin de estudiar el mecanismo de la oxifuncionalizacion enzimatica de los diferentes compuestos alifaticos mencionados, se llevaron a cabo reacciones de los mismos en presencia de H2 18O2, y se observo que el atomo de oxigeno introducido por las enzimas en los diferentes sustratos proviene del H2O2 (y no del O2) demostrandose la actividad peroxigenasa de las enzimas en estas reacciones de hidroxilacion. Finalmente, un enfoque combinado mediante estudios experimentales y computacionales permitio demostrar que no existe un unico factor que determine el perfil de hidroxilacion del sustrato por la enzima, sino que es el resultado de la suma de muchos factores estructurales, tanto sobre la molecula del sustrato como del sitio activo de la enzima. En el caso particular de los esteroides (que fueron los compuestos estudiados en mayor profundidad) estos factores incluyen el caracter polar/apolar de los grupos sustituyentes en las posiciones C-3/C-7 del anillo, la presencia/ausencia de dobles enlaces en el anillo esteroidal, y la longitud y caracteristicas de la cadena lateral que afectan a la entrada del sustrato en el sitio activo de la enzima por C-25. En conclusion, las peroxigenasas estudiadas en esta Tesis (rCciUPO, AaeUPO y MroUPO) representan una alternativa sostenible a la sintesis quimica ya que catalizan la oxifuncionalizacion selectiva de diferentes compuestos alifaticos (tanto lineales como ciclicos) de interes en la industria quimica y farmaceutica, en presencia de H2O2 como unico co-sustrato.Agradecemos al Prof. Bohlman (Universidad Tecnica, Berlin) y al Dr. F. M. Dean (Robert Robinson Laboratories, Liverpool) por los envios de los espectros de IR y RMN de obliquinina y del hidrato de obliquinina respectivamente. Uno de nosostros (O. Pino) agradece al C.S.I.C. una Beca de Formacion del Personal Investigador.Fotografias del yacimiento, proceso de excavacion y detalles del sitio Tunel VII. Anos: 1989Se ha realizado un estudio comparativo de la influencia de los parametros reologicos y de procesamiento sobre la microestructura y consistencia de chips multicapa de PZT obtenidos mediante un proceso de colado en cinta. Para ello se han realizado medidas de viscosidad de distintas barbotinas con diferente contenido en solidos y su relacion con el espesor y densidad en verde de las cintas obtenidas, se han identificado los puntos criticos del ciclo de quemado-sinterizacion y, mediante MEB se ha estudiado la microestructura en verde de las laminas coladas y la microestructura final de los chips multicapa fabricados.Resumen del trabajo presentado a las 14as Jornadas de Analisis Instrumental celebradas en Barcelona (Espana) del 1 al 3 de octubre de 2014.Poster presentado en el XXIV Congreso de la Asociacion de Geografos Espanoles, celebrado en Zaragoza del 18 al 21 de octubre de 2015.The use of hyper-variable markers across species is often hindered by low cross-species amplification success, a reduced level of polymorphism or a high frequency of null alleles. However, optimizing sets of reliable and informative markers that can be consistently amplified and scored across taxa is key to address questions about patterns of genetic diversity and structure, hybridization and speciation. Here we present 14 newly developed microsatellite markers in the Spined toad (Bufo spinosus), assess their polymorphism in two Iberian populations and test for cross-species amplification in the closely related Common toad (Bufo bufo). We then use the 12 loci co-amplifying in both species to the study of a morphologically intermediate population (Moyaux) from the contact zone in northwest France as well as reference populations of the two species from both sides of the contact zone. Individuals from Moyaux had mtDNA haplotypes of the two species and were identified as hybrids in analyses with software NewHybrids. These results provide solid evidence for ongoing hybridization between B. bufo and B. spinosus, with no apparent restrictions to gene flow.Consejo Superior de Investigaciones Cientificas aporta financiacion como institucion fundacional de The Conversation ES. Matilde Canelles Lopez participa en el proyecto BIFISO, PIE CSIC-COV19-027, financiado por el CSIC, para la lucha contra la COVID-19 en el marco de la PTI Salud Global. Maria Mercedes Jimenez Sarmiento participa en el proyecto BIFISO, PIE CSIC-COV19-027, financiado por el CSIC, para la lucha contra la COVID-19 en el marco de la PTI Salud Global. Nuria Eugenia Campillo participa en el proyecto BIFISO, PIE CSIC-COV19-027, financiado por el CSIC, para la lucha contra la COVID-19 en el marco de la PTI Salud Global.125 paginas.-- 24 figuras.-- fotos.-- 72 referencias.-- Memoria del XXVIII Curso Internacional de Edafologia y Biologia Vegetal, 1991La elaboracion de este articulo se inscribe dentro del Proyecto “Filosofia de las tecnociencias sociales y humanas” (FFI2008-03599) del Plan Nacional I+D+i (2009-2011), y del Proyecto Intramural del CSIC “Discapacidad, envejecimiento y calidad de vida”.Las particulas exopolimericas son substancias de naturaleza polisacaridica producidas principalmente por fitoplancton y procariotas heterotroficos. Estas pueden autoensamblarse en particulas de mayor tamano y, cuando su flotabilidad es negativa, son exportadas hacia el oceano profundo contribuyendo con ello a la bomba biologica de carbono. En esta tesis hemos descrito la distribucion de particulas exopolimericas en los oceanos Atlantico, Indico y Pacifico y en el mar Mediterraneo, y hemos valorado su papel en la exportacion de carbono hacia el oceano profundo. Por otro lado, hemos determinado la produccion de particulas exopolimericas por procariotas heterotroficos tanto en aguas superficiales como en aguas profundas asi como la respiracion de la materia organica en la zona mesopelagica (200-1000 m de profundidad). Esta region es clave en la mineralizacion del carbono organico que transita desde la superficie hacia las profundidades del oceano. Se han realizado dos campanas oceanograficas: una primera circumnavegacion a lo largo de los oceanos Atlantico, Indico y Pacifico (Expedicion Malaspina-2010) y otra a lo largo del mar Mediterraneo (Hotmix-2014). En la primera campana oceanografica observamos que las concentraciones maximas de particulas exopolimericas aparecian recurrentemente por encima de la profundidad del maximo de clorofila y que geograficamente aparecian en las zonas proximas a los afloramientos (por ejemplo Benguela, Domo de Costa Rica, Gran Bahia Australiana y en las zonas de divergencia ecuatorial). Consecuentemente, el mejor predictor de la distribucion de particulas exopolimericas fue la produccion primaria. Nuestro estudio tambien indica que el flujo descendente de particulas exopolimericas es la via principal de entrada de estas hacia el oceano profundo. Sin embargo, tambien debe existir sintesis de novo por procariotas heterotroficos en el oceano profundo que justifique los elevados valores de transferencia de exopolimeros estimados entre la zona mesopelagica y batipelagica (>1000 m de profundidad). Por tanto, los procariotas heterotroficos no solo participan activamente mineralizando la materia organica durante su transito por la zona mesopelagica hacia el fondo sino que tambien pueden generar sustratos polisacaridicos y particulas exopolimericas en aguas profundas. Esto explicaria los tiempos de residencia cortos (de meses a anos) encontrados y que sugieren una naturaleza semilabil. La estimas del contenido de carbono en forma de particulas exopolimericas en el oceano global es de 4.8 Pg C, es decir, entre un 25% y un 40% del carbono organico particulado. El flujo global de particulas exopolimericas a profundidades superiores a los 1000 m se estimo en 0.4 Pg C ano-1, comparable a las estimas medias globales de flujo de carbono organico particulado hacia la zona batipelagica. En la segunda campana oceanografica nuevamente encontramos que las concentraciones maximas de particulas exopolimericas aparecian por encima del maximo de clorofila en la cuenca oeste del Mar Mediterraneo y en la region Noreste del oceano Atlantico, particularmente cerca del estrecho de Gibraltar. La distribucion geografica de particulas exopolimericas pudo explicarse mayoritariamente por la actividad del fitoplancton, aunque los procariotas heterotroficos tambien resultaron ser relevantes en determinar su distribucion, no solo en superficie sino tambien en las zonas profundas, particularmente en el agua Levantina Intermedia. Por lo tanto, la distribucion de particulas exopolimericas en el Mediterraneo profundo esta controlada, en parte, por el flujo descendente de particulas, siendo mayor en la cuenca oeste y en la region Noreste del oceano Atlantico. Esta tesis contribuye a arrojar luz sobre el papel crucial de las particulas exopolimericas en la bomba biologica del oceano y sobre el papel desempenado por los procariotas heterotroficos en su dinamica.Thesis developed by Mohamed Ameen Poyli for the degree of doctor of philosophy in physics.Memoria presentada por Elena Molina Hernandez para la obtencion del grado de Doctora en Ciencias Biologicas por la Universidad Complutense de Madrid.El proyecto de investigacion que se recoge en esta publicacion ha sido posible gracias a la colaboracion del CSIC con RENFE y la Fundacion de los Ferrocarriles Espanoles.Se ha realizado un estudio comparativo de la microestructura, las propiedades electricas y piezoelectricas de un material ceramico PZT tipo-5A sin modificar y modificado con un exceso de Nb2O5. Mediante Microscopia Electronica de Barrido se observa que el PZT modificado presenta una estructura mas heterogenea. Se han caracterizado las propiedades dielectricas y piezoelectricas de los materiales con y sin adicion de Nb2O5 y se ha determinado la influencia de la presencia de fases secundarias sobre la variacion de la Temperatura de Curie y el desplazamiento de la composicion del PZT debido a la extraccion de PbO desde la matriz de PZT.Society of Environmental Toxicology and Chemistry (SETAC) Europe 25th Annual Meeting, 3-7 May 2015, Barcelona.-- 2 pages, 4 figuresTrabajo presentado en el Congreso Iberoamericano de Hidrogeno y Pilas de Combustible, celebrado en Barcelona (Espana) del 15 al 17 de octubre de 2014.Una valva de Mytilus y una voluta, ambas de la coleccion Gusinde en el MVV, estan inventariadas, la primera como recipiente para colorantes y la otra como recipiente para bebidas. En Leningrado habia una voluta y dos valvas de Mytilus no modificadas (intercambio con la Universidad de BBAA). Senaladas como “yamana”. Finalmente en el MHP, habia dos ejemplares de Mytilus de la Mission Scientifique sin modificacion, pero marcados “para cuchillo”.L. J. Martinez and I. Prieto thank an I3P fellowship from the CSIC and projects IST-2-511616-NOE (PHOREMOST) and NMP4-CT-2004-500101 (SANDIE), Spain-Italy Integrated Action HI2004- 0367/IT2304, projects NAN2004-08843-C05-04, TEC-2005-05781-C03-01, NAN2004-09109-C04- 01, CONSOLIDER-Ingenio 2010 (CSD2006- 00019).Consejo Superior de Investigaciones Cientificas aporta financiacion como institucion fundacional de The Conversation ES.Teratologies are frequent among vertebrates, but with differing prevalence among groups. For in- stance, cases of bicephaly are extremely scarce in amphibians, in contrast with other groups, like reptiles. Here we report the first case of bicephaly in Lissotriton boscai. The anomaly is a consequence of the duplication of the skeleton axis and the subsequent development of most of the cephalic structures in each axis, with heads fused at the level of the cranial post-otic structures. Despite its young age and small size, the larva pre- sents an advanced stage of development. The low frequency of cases of bicephaly among amphibians can be a consequence of high mortality rates in early stages, but it could also reflect differences in the developmental properties between vertebrate lineages.We describe an exact inference-based algorithm for the MinSAT problem. Given a multiset of clauses θ, the algorithm derives as many empty clauses as the maximum number of clauses that can be falsified in θ by applying finitely many times an inference rule, and returns an optimal assignment. We prove the correctness of the algorithm, describe how it can be extended to deal with weighted Min-SAT and weighted partial MinSAT instances, analyze the differences between the MaxSAT and MinSAT inference schemes, and define and empirically evaluate the MinSAT Pure Literal Rule.Our thanks go to Dr Ken Wagner of Thompson Rivers University for his time and assistance in proofreading this manuscript and to Dr Hazel Barton of the University of Akron for her insights and for sharing her latest and yet-to-be published work with us. NC was supported by TRU Research Innovation Funds. CSJ was supported by CSIC project 201230E125.The project COINVENT acknowledges the financial support of the Future and Emerging Technologies (FET) programme within the Seventh Framework Programme for Research of the European Commission, under FET-Open Grant number: 611553. The IIIA part of this work has been funded by the European Community’s Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) under grant agreement No. 567652/ESSENCE: Evolution of Shared Semantics in Computational Environments.Fernando Bayon es miembro del Proyecto de Investigacion «Memoria cultural e identidades fronterizas. Entre la construccion narrativa y el giro iconico» [FFI2008-05054-C02-01], que se desarrolla en el IFS-CCHS/CSIC, bajo la direccion de J.M.a Gonzalez Garcia.2 ficheros .pdf copias de 1) Resumen ampliado del poster en Libro de actas y 2) Poster original de los autores (9 Fots.- 3 Figs.). Creative Commons License Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International (CC BY-NC-ND 4.0).Los autores agradecen al Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC) y Consiglio Nationale delle Ricerche (CNR), su ayuda economica dentro del convenio de colaboracion CSIC-CNR para el bienio (2001-2002). Dr. Lopez Manchado agradece al Ministerio e Ciencia y Tecnologia la concesion de un contrato dentro del Programa Ramon y Cajal.Los adipocitos marrones fetales de rata en cultivo primario han demostrado ser un buen modelo experimental para la realizacion de estudios de proliferacion y diferenciacion celular. Nuestros resultados han dejado bien establecido que los adipocitos marrones fetales presentan esta dualidad de funciones, habiendo sido inducidos a un programa de proliferacion con factores de crecimiento individuales asi como con diversas combinaciones mitogenicas. La glucosa 6 fosfato deshidrogenasa, enzima limitante de la via de las pentosas fosfato es un marcador de proliferacion en nuestro sistema celular. La expresion genetica de esta enzima se induce en presencia de los factores que han resultado ser mitogenicos para los adipocitos marrones fetales en cultivo primario. Asimismo estas celulas, previa su quiescencia, han sido reinducidas a un programa de ..Trabajo presentado en el WG4/WG1 Meeting COST Action CM1201: Biomimetic Radical Chemistry, celebrado en el Puerto de la Cruz (Tenerife) del 1 al 3 de octubre de 2014.Objectives: The aim of this study was to characterize the physico-chemical properties of cocoa fibre (CF), to analyze its polyphenolic content and antioxidant capacity in vitro, and to investigate the effect of the administration of a polyphenolic extract of this cocoa fiber on the antioxidant capacity of the serum in rats. Methods and materials: Dietary fiber (DF) composition and polyphenolic (PP) content of the cocoa fiber were analyzed. The antioxidant capacity of the CF was determined by means of its reduction power (FRAP) and the capacity to scavenge free radicals (ABTS·+). To evaluate the bioavailability and the antioxidant capacity in vivo of the phenolic compounds of CF, an extract of these compounds was administred in the stomach of the rats with a gastric probe (100 mg PP/kg), taking blood samples at different time intervals. Sera were analyzed by HPLC to determine the presence/absence of PP or PPmetabolites. In orther to evaluate the antioxidant capacity of the serum FRAP and ABTS methods were used. Results: Cocoa fiber was an excellent source of DF, with a high content of total dietary fiber (TDF), over 60% of the dry matter, made up mainly of insoluble dietary fiber (IDF; 83% of TDF). This fiber had just 1,15% of polyphenols, with low antioxidant activity. After intragastric administration of the PP-rich fraction a fast and measurable absorption of the CF polyphenols was observed, being epicatechin the main PP in blood. The absorption of this PP confers a significant, although transitory increase of the serum antioxidant capacity 10-45 minutes post-gavage; after this time, the antioxidant capacity progressively decreased reaching basal levels after 6 h. Conclusions: Cocoa fiber can be considered as an excellent source of DF, mainly insoluble dietary fiber; therefore, it could be used as an ingredient in fiber-rich functional foods. Besides the benefits derived from its high fiber content, the CF would provide protection against oxidative damage by means of its content in pheespanolEn este trabajo se ha buscado la implementacion de una alternativa al metodo de Otsu (1979) desarrollada por Hui-Fuang Ng (2006), el cual maximiza la diferencia entre varianzas espectrales y realiza una busqueda multiumbral. En el estudio se emplearon imagenes procedentes de vehiculos aereos no tripulados (UAVs) tomadas en cultivos de maiz y girasol. Con una unica ejecucion del algoritmo en un entorno de analisis orientado a objetos, se discriminan aquellos objetos correspondientes a la fraccion vegetal del suelo desnudo y se estima un umbral diferenciador entre cultivo y malas hierbas que contribuya a un subsiguiente proceso de clasificacion. La tecnica de Hui-Fuang detecto un mayor porcentaje de vegetacion en todos los casos estudiados, oscilando el incremento entre un 3% y un 20%. EnglishThis works aimed to implement an alternative to Otsu’s method (1979) developed by Hui- Fuang Ng (2006), which maximizes the difference between spectral variances and performs a multithreshold seeking. Unmanned aerial images taken in maize and sunflower crops were used in the research. In a single algorithm execution applied to an Object Based Image Analysis environment, the objects corresponding to both the vegetation fraction and bare soil are discriminated and a threshold to separate crop from weeds was also estimated, making easier a subsequent classification process. Fui-Huang’s technique provides a higher percentage of vegetation detection in all the cases, with an improvement which ranges from 3% to 20%.espanolRecientemente se han producido, en nuestro pais, multiples caidas de bloques de hielo de hasta 3 kg, algunas de ellas impactando violentamente contra coches e instalaciones de distinto tipo. Aunque se trata de un fenomeno inusual, existen abundantes referencias y algunos estudios que se han recogido en la bibliografia cientifica. En este trabajo se expone el estado actual del tema, se describen los principales antecedentes y la fenomenologia de muchas otras caidas recientes, algunas de ellas coincidentes con las ocurridas en Espana. Por ultimo, se indican algunas de las principales hipotesis geneticas planteadas. EnglishRecently, blocks of ice have been falling from Spain’s clear skies. These lumps of ice were sizeable, weighing up to 3 kg. Although the falls are very unusual, many other previous cases have been described, and some references have been published in the scientific journals. This paper summarises the “state-ofthe-art”, and describes other outstanding similar falls, which are coincidental with those occurred in Spain. Finally, the main genetic probable scenarios are indicated.Tesis Doctoral presentada por Esperanza Maria Esquinas Tarifa para optar al grado de doctor por la Universidad de Valladolid, Facultad de Medicina (Departamento de Bioquimica y Biologia Molecular y Fisiologia); Instituto de Biologia y Genetica Molecular (IBGM).-- Sujeta a Licencia Creative Commons.Trabajo presentado a las I Jornadas Cientificas del CIAL celebradas el 5 de junio de 2014 en Madrid.XIII Reunion Iberica de Algas Toxicas y Biotoxinas Marinas (REDIBAL 2018) - XIII Reunion Iberica de Fitoplancton Toxico - XIII Iberian Toxic Algae and Marine Biotoxins Meeting, VI Simposio Internacional de Ciencias del Mar - VI International Symposium of Marine Sciences (ISMS 2018), 20- 22 June 2018, Vigo.-- 1 pageResumen del trabajo presentado al VI Meeting de la Red Espanola de Canales Ioniocs (RECI), celebrado en Santiago de Compostela del 6 al 8 de septiembre de 2017.Trabajo presentado al 15th JCF Fruhjahrssymposium (Congreso de Jovenes Investigadores de la Sociedad Alemana de Quimica) celebrado en Berlin (Alemania) del 6 al 9 de marzo de 2013.Este trabajo ha sido financiado por el “Plan Nacional de I+D+i del Ministerio de Educacion y Ciencia (MEC) mediante los proyectos CSIC 200550F0191, AGL2007-63314/ALI y MALTA CONSOLIDER-INGENIO 2010 CSD2007-00045Trabajo presentado en la IX Reunion de la Sociedad Espanola de Cultivo in vitro de Tejidos Vegetales (2011), celebrada en Puerto de la Cruz, Tenerife (Espana), del 26 al 29 de abril de 20116 paginas, 2 tablas.--Trabajo presentado a las: XLI Jornadas Cientificas y XVII Jornadas Internacionales de Ovinotecnia y Caprinotecnia. (Talavera de la Reina, Toledo, Espana, 14-16 septiembre, 2016).El principal objetivo de esta tesis doctoral es hacer del cuerpo una herramienta util para el estudio de las identidades de las personas del pasado. Partiendo de la base de que el cuerpo es un elemento clave en cualquier estudio sobre la persona, se trataria de hacer una arqueologia de la corporalidad para acercar este potencial a las sociedades prehistoricas sin caer en el error de trasladar las condiciones actuales a las del pasado. El cuerpo, por tanto, demanda todo un ejercicio de deconstruccion, no solo del concepto sino de la concepcion que se tenga del mismo y de su papel en la creacion y recreacion de la persona en la Prehistoria. Es por ello que gran parte de los esfuerzos de esta tesis se han dirigido a intentar reconstruir las condiciones que pudieron conformar ese contexto prehistorico. Por un lado, se ha recurrido a los instrumentos de la Arqueologia de la Identidad que propone la profesora Almudena Hernando: para equiparar un determinado contexto de desarrollo socio-economico, con unas formulas de orden y representacion del mundo concretas. Y por otro, se ha profundizado en el marco mental, vivencial y ontologico que supone desenvolverse en unas condiciones de completa oralidad, mas cercanas a aquellas que predominarian en el pasado prehistorico. La revision de textos antropologicos sobre sociedades actuales cuyas condiciones de vida pueden aproximarse a aquellas en las que vivieron las sociedades prehistoricas, cierra el circulo interpretativo que ayuda reconstruir un contexto de estudio aproximado sobre el que recrear un modelo de corporalidad alternativo al nuestro y mas cercano al preterito. De aqui nacen las propuestas que plantea la tesis doctoral: - La necesidad de abandonar cualquier enfoque que entienda como reales conceptos o ideas independientemente de su reproduccion practica: en la Prehistoria no es posible concebir el cuerpo como concepto, es decir, como una realidad objetiva susceptible de ser pensada mas alla de la propia persona. - Se asume que una realidad que no puede ser pensada, unicamente puede ser actuada: la persona, en este sentido, no puede concebir su existencia mas alla de aquello que hace. - La implicacion ontologica que alcanza el cuerpo en tales condiciones es total, hasta el punto de poder decir que si la persona es accion, esto equivale a suponer que la persona es toda cuerpo. - Se trataria de entender a las personas de la Prehistoria como sujetos narrativizados, esto es, unicamente definidos a partir del lenguaje de la accion y de las disposiciones de su cuerpo. - En un contexto oral de creciente complejizacion socio-economica, podria decirse que existe una relacion estructural entre el ‘descubrimiento’ del cuerpo como escenario de expresion subjetiva y procesos de autoconciencia e individualizacion: esto se deduce de una mayor atencion prestada al cuerpo y de cierto proceso de abstraccion que sufre la imagen del ‘cuerpo del guerrero’, erigida en momentos de tension socio-politica como simbolo de poder y, por tanto, separada de su inmediatez performativa. Esta tesis trabaja directamente sobre los procesos ontogenicos del sujeto prehistorico, abordados desde la corporalidad y la performatividad de su ser-en-el-mundo. La imposibilidad de desdoblar un discurso enteramente referenciado en el cuerpo de otro asentado en la razon, lanza una nueva perspectiva interpretativa a cualquier estudio que trate de indagar sobre la constitucion del sujeto prehistorico. En este sentido, la naturaleza proyectiva de esta tesis impide llegar al diseno de un metodo o a la creacion de un modelo. Las propuestas planteadas se contentan con abrir un camino para seguir perfeccionando las herramientas que conducen a una mejor interpretacion del pasado. En este sentido, su caracter teorico cumple con el proposito de favorecer el aprendizaje, siempre ineludible, que acompana a la investigacion. [ABSTRACT]The origin and purpose of this PhD thesis is to make the body a useful tool for those studies dedicated to investigating the different ways of being a person in Prehistory. Assuming the body is an essential component of the study of identity in any context, this study aims at devising an Archaeology of corporeality in order to bring its potential to the study of prehistoric societies without extending present conditions to the past. Therefore, the body demands a deconstruction exercise, not only about the concept of “body” but of its perception and the role it possesses in the construction and reconstruction of person in Prehistory. Consequently, most of the efforts have been directed to reconstruct the conditions that could define that prehistoric context. On one hand, I turned to the instruments that Archaeology of Identity and Professor Almudena Hernando purpose to compare particular socio-economic contexts with certain ways of representing and organizing reality. And on the other hand, I analyzed the intellectual, existential and ontological consequences that means to live under the conditions of Orality, closer to those that prevailed in Prehistory. The review of anthropological texts about current societies whose life conditions can be compared to those under which lived prehistoric groups, closes the interpretative circle that helps to reconstruct an approximate context from which recreate an alternative corporeality model to the present and closer to the past. The research results have given rise to the proposals that follow: - The need to abandon any approach that understands concepts or ideas as real beyond their practical performance: in Prehistory it is not possible to conceive body as a concept, that is, as an objective reality likely to be thought apart from person. - It is assumed that a reality that can not be thought can only be acted or displayed: person, in this sense, can not conceive his or her existence apart from what he or she does. - The ontological implication the body reaches in such conditions is complete, to the point to say that if person is action, this is equivalent to assume that person is all body. - The aim is, therefore, to understand prehistoric people as narrativized subjects, that is, only defined by the language of action and body dispositions. - In an oral context of increasing socio-economic complexity, it can be assumed that there is a structural relation between the ‘discovery’ of the body as a scene of subject expression and processes of self-awareness and individuation: this is confirmed by an increase of attention to the body, as well as by the process of abstraction that leads to the creation of the image of ‘warrior’s body’, emphasized in moments of high socio-political tension as power symbol separated of its practical immediacy. This thesis works directly on the ontological processes of prehistoric subject, addressed through corporeality and the performativity of its being-in-the-world. The inability to separate a discourse entirely referred to the body from another settled in Reason, proposes a new interpretative perspective to any study focused on the construction of prehistoric subject. In this sense, the projective nature of this nature of this thesis prevents the design of a method or the creation of a model. Instead, the proposals open a way to further improve the tools that lead to a better interpretation of the past. This way, its theoretical character serves the aim of learning, indispensable in any research exerciseWeb search engines gather information from the queries performed by the user in the form of query logs. These logs are extremely useful for research, marketing, or profiling, but at the same time they are a great threat to the user�s privacy. We provide a novel approach to anonymize query logs so they ensure user k-anonymity, by extending a common method used in statistical disclosure control: microaggregation. Furthermore, our microaggregation approach takes into account the semantics of the queries by relying on the Open Directory Project. We have tested our proposal with real data from AOL query logs.Trabajo presentado al Wine and Health Meeting, celebrado en Logrono (Espana) del 16 al 18 de septiembre de 2017.Trabajo presentado al 35o Encuentro GEEFSM (Groupe d’Etudes sur l’Eco-pathologie de la Faune Sauvage de Montagne), celebrado en Cofrentes, Muela de Cortes (Espana) del 1 al 4 de junio de 2017.Memoria presentada por Almudena Garcia-Ruiz para optar al grado de Doctor en Ciencia y Tecnologia de los Alimentos y que ha sido realizada en el Departamento de Biotecnologia y Microbiologia de Alimentos del Instituto de Investigacion en Ciencias de la Alimentacion (CIAL).Memoria presentada en la Universidad de La Rioja para optar al grado de Doctor en Quimica por Alegria Caballero Millan en Mayo de 2012.-- Bajo Licencia Creative Commons Reconocimiento-NoComercial-SinObraDerivada 3-0 Unported.Poster presentado al: 10th International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH).--Herbivore nutrition supporting sustainable intensification and agro-ecological approaches.-- p. 683. 2-6 de septiembre de 2018. Clermont-Ferrand (Francia).Este trabajo ha sido financiado por diferentes proyectos de investigacion: CYTED N° XI.24; ALIBIRD S-0505/AGR/000153 de la Comunidad de Madrid; CONSOLIDER Ingenio 2010 (FUN-C-FOOD) CSD 2007-00063 del Ministerio de Educacion y Ciencia; y PIF-SIALOBIOTIC 200870F0101 del CSIC.Comparadas con los motores de combustion interna, las pilas de combustible de intercambio de protones (PEMFC) son capaces de operar sin emisiones de agentes contaminantes. El aumento de la temperatura de operacion de la pila de combustible por encima de 100oC es uno de los grandes objetivos en este campo ya que facilitaria el desarrollo comercial de los vehiculos electricos impulsados por pilas de combustible. Las membranas hibridas organico-inorganicas nanoestructuradas combinan las propiedades necesarias para este tipo de aplicacion. Se obtuvieron membranas hibridas dopadas con acido fosfowolframico (PWA) por copolimerizacion radicalica a partir de alquilalcoxidos y monomeros de estireno y metacrilato, y por reaccion sol-gel via catalisis acida. La conductividad protonica se logra realizando un proceso de sulfonacion de anillos aromaticos para producir grupos SO3H unidos al anillo. Se ha estudiado el efecto de la sulfonacion y el dopado de las membranas con PWA sobre las propiedades de la membrana, tales como la estabilidad quimica y termica, retencion de agua, capacidad de intercambio ionico y conductividad protonica. Las medidas de conductividad muestran aumento al aumentar la temperatura y la cantidad de grupos SO3H, hasta valores de 3.2 10-3 S/ cm a 130oC y 100%HR.During the time of the elaboration of this dissertation I have enjoyed a scholarship from the program >Junta para la Ampliacion de Estudios-JAE Predoctoral para la Formacion y Especializacion de Personal Investigador del Consejo Superior de Investigaciones Cientificas>. The work has been financed by projects from the Spanish Government ARIDERO (CGL2005-03912) and ROSMARINUS (CGL2009-07262).Paper presented at Workshop on New Trends on Topological Insulators that took place in Sant Feliu de Guixols (Girona, Spain) during 3-6th June 2013.El Instituto Nacional de Estadística ofrece desde su web información general y detallada de los Censos de Población y Viviendas de 2011. Mediante tablas predefinidas el usuario puede consultar información de personas, edificios, viviendas, hogares, parejas y núcleos, y población residente en establecimientos colectivos. En otro apartado ofrece información mediante sistemas avanzados de consulta, que consisten básicamente en tablas a medida, que puede construir el usuario, y ficheros de microdatos.Trabajo presentado en el 9th International Conference on the Occurrence, Properties, and Utilization of Natural Zeolites, celebrado en Belgrado (Serbia) del 08 al 13 de junio de 2014.Trabajo de investigacion presentado por David Gonzalez Barrio para optar al grado de Doctor por la Universidad de Castilla-La Mancha.Poster presentado a la International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics celebrada en Kosice (Slovak Republic) del 12 al 14 de junio de 2012.Consejo Superior de Investigaciones Cientificas aporta financiacion como institucion fundacional de The Conversation ES.Consejo Superior de Investigaciones Cientificas aporta financiacion como institucion fundacional de The Conversation ES.Memoria presentada por Sara Orellana Munoz para optar al Grado de Doctor en Biologia (“Mencion Internacional”) por la Universidad de Salamanca (dentro del Programa de Doctorado de Biologia Funcional y Genomica).32 paginas.-- 11 figuras.-- 57 referencias.-- Memoria del XXXI Curso Internacional de Edafologia y Biologia Vegetal, 1994Grupo 5: Valor social.-- Programa de investigacion para la conservacion preventiva y regimen de acceso de la cueva de Altamira (2012-2014).Trabajo presentado en el I Encuentro de Jovenes Investigadores de la Sociedad Espanola de Catalisis (SECAT), celebrado en Malaga (Espana) del 22 al 24 de junio de 2014.Resumen: Se revisa tanto material de museo como bibliografico y se aportan datos sobre nuevas poblaciones de Dociostaurus crassiusculus en la Peninsula Iberica. La especie esta declarada como rara en el catalogo de especies protegidas espanolas, y en peligro de extincion, sensible a las alteraciones del habitat, en la Comunidad de Madrid. Encontramos poblaciones muy puntuales y reducidas de esta especie, pero numerosas, sometidas a grandes fluctuaciones en habitats con vegetacion gipsofila y halofila, en particular en reservas naturales de lagunas hipersalinas de Castilla-La Mancha y alrededores. Sugerimos la necesidad de proteccion y su inclusion en el catalogo regional de especies protegidas de esa comunidad por ser con seguridad reservorio iberico principal de esta especie. Palabras clave: Orthoptera, Acrididae, Dociostaurus crassiusculus, conservacion, gipsofilia, lagunas hipersalinas, pseudoestepa, Castilla-La Mancha, Peninsula Iberica. Dociostaurus crassiusculus (Pantel, 1886) (Orthoptera: Acrididae), rare in the Iberian Peninsula, with local populations at special interest sites of Castilla-La Mancha (Spain)Consejo Superior de Investigaciones Cientificas aporta financiacion como institucion fundacional de The Conversation ES.Grupo 5: Valor social.-- Programa de investigacion para la conservacion preventiva y regimen de acceso de la cueva de Altamira (2012-2014).Trabajo presentado en la Third International Legume Society Conference ILS3 2019 (Legumes for human and planet health), celebrada en Poznan (Polonia) del 21 al 24 de mayo de 2019.La presente Tesis Doctoral se presenta en la modalidad de compendio de publicaciones por Da Elena Galan Garcia para optar al grado de Doctor por la Universidad de Zaragoza.11th Conference on Lasers in the Conservation of Artworks was hold in Cracow, Poland from 19th to 23rd September 2016 ; http://lacona11.org/Trabajo presentado al IX Congreso CyTA-CESIA, celebrado en Madrid del 16 al 19 de mayo de 2017.Trabajo presentado al 17th European Meeting on Supercritical Fluids (EMSF) y al 7th European Meeting on High Pressure Technology, celebrados en Ciudad Real (Espana) del 8 al 11 de abril de 2019.This study was funded by the CSIC (Project 201540E007) and Junta de Andalucia (Project P12-AGR-1419)Son documentos en pdf que corresponden a las anotaciones de campo que se recogian duramte la excavacion ordenados por cuadriculas y dentro de ellas por subunidades sucesivas de excavacion: coordenadas tridimensionales de los limites y reticulos de profundidades y esquema de las unidades estratigraficas, la composicion y descripcion de matriz y del proceso de excavacion. Asimismo tipo de muestras y fotografias tomadas. Coordenadas tridimensionales de los objetos extraidos. En algunos casos ilustracion esquematica de superposiciones estratigraficas.8 paginas.- Contribucion en el VI Seminario de Judia y en el Seminario sobre la eficiencia del sistema simbiotico Phaseolus-Rhizobium celebrado en la Estacion Experimental del Zaidin (CSIC, Granada) los dias 25 y 26 de Octubre de 2016.I gratefully acknowledge the JAE-predoc scholarship from Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC).Non-destructive and microanalytical techniques in art and cultural heritage, Bilbao, May 2 - 6, 2017. -- https://addi.ehu.es/handle/10810/25806Trabajo presentado en el VII Congreso de mejora genetica de plantas, celebrado en Zaragoza (Espana) entre los dias 16 y 18 de septiembre de 2014.- 2 paginas y 1 tabla.6 paginas.- 4 figuras.- 16 referencias.- La revista se puede ver completa en el enlace http://www.interempresas.net/Flipbooks/HC/349/html5forpc.htmlWe present an infrastructure in which HPC resources from the Amazon Web Services public cloud are combined with specific grid resources at Ibergrid. The integration is done transparently for the GridWay users through a daemon which permanently monitors the pool of available resources and submitted jobs, managing virtual instances for satisfying the demand under budget restrictions. The study has been proved with a specific application from the Xmipp package, which performs image processing from electron microscopy data and requires heavy high-throughput computing offering parallelization capabilities. The application was ported successfully for such a hybrid framework with the help of the MPI-Start package. Some preliminary results from test runs are presented for a controlled sample of thousand input images. Some inconveniences and troublesome aspects of the deployment are also reported.El trabajo para la elaboracion de este articulo ha podido ser realizado gracias a la beca asociada al proyecto «Sociedad Civil y gobernanza de la ciencia y la tecnologia en Espana», financiado por la FECYT y el CSIC.Resumen del poster presentado a la VIII Reunion Microbiologia del Medio Acuatico celebrada en Vigo del 14 al 16 de septiembre de 2010 y organizada por la Sociedad Espanola de Microbiologia.Trabajo presentado a la 3rd International Conference on FoodOmics (2013) celebrada en Roma (Italia) del 22 al 24 de mayo de 2013.This work was financed by Flora Iberica project (CGL2008-02982-C03-01/CLI), and by a Ph.D. grant (JAE-Pre, CSIC).Campylobacter es considerado a escala mundial como el mayor patogeno bacteriano causante de enfermedades gastrointestinales asociadas a alimentos, siendo las aves y en especial el pollo la principal fuente de infeccion en humanos. Teniendo en cuenta que una gran parte de la produccion mundial de pollos se encuentra contaminada con el patogeno y debido a la reciente prohibicion en la Union Europea de los antibioticos promotores del crecimiento en la alimentacion animal, resulta fundamental la busqueda de nuevas estrategias naturales que permitan disminuir la incidencia de esta bacteria en la cadena alimentaria, primordialmente en su principal hospedador. Se cree que la habilidad de Campylobacter de establecerse en el tracto gastrointestinal de los pollos conlleva su adherencia, primero a la capa de mucus que recubre el intestino y posteriormente, a las celulas epiteliales intestinales. Como paso final, una vez adherida de manera especifica e irreversible, la bacteria debe invadir dichas celulas. Debido a lo anterior, el uso de agentes que logren evitar la adherencia y/o invasion del patogeno a nivel del hospedador, resulta una opcion de interes en la lucha contra Campylobacter. Otra estrategia alternativa a valorar es la inclusion en la dieta de bacterias probioticas capaces de competir por nutrientes y por los sitios de adherencia en el mucus y las celulas, de producir sustancias nocivas contra el patogeno y de modular la respuesta inmune. De igual manera, el uso de compuestos antimicrobianos de origen natural en la alimentacion de los pollos parece ser otra estrategia alternativa para afrontar este problema. En el presente trabajo se estudiaran las diferentes estrategias mencionadas, encaminadas a lograr la erradicacion o la disminucion de la presencia de Campylobacter en pollos, con miras al control de este patogeno dentro de la cadena alimentaria humana.450 paginas. en dos volumenes.-- Memoria presentada en el VII Curso Internacional de Edafologia y Biologia Aplicada, en SevillaTesis doctoral inedita. Universidad Autonoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de . Fecha de lectura: 27-11-2009Hemos analizado 10 horquillas multiapuntadas en los museos: 1 en el MEMV, 1 en el MEPGL (col. Univ BBAA=yamana), 1 en MVB (Mallmann=Tierra del Fuego), 1 en el y 6 en el MHP (Mission Scientifique =yamana). Otras dos son modelos yamana (MPEPGL intercambio BBAA y BMML - Holmested). Tambien existen horquillas bifurcadas: cuatro ejemplares en el MHP (col. Mission Scientifique-Yamanas): 2 completas, una sin mango y un mango que esta fichado como perteneciente a una de estas horquillas. Una rama de Nothofagus con una bifurcacion en uno de los extremos de la coleccion Mallmann del MVB esta rotulado como Tierra del Fuego y “palo para cangrejos”.Submitted to the Department of Condensed Matter Physics in partial fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Physics at the Universidad Autonoma de Madrid.-- Thesis Committee: Prof. Rosa Lopez Gonzalo, Prof. Alfredo Levy Yeyati, Prof. Karsten Flensberg, Prof. Pascal Simon and Dr. Sebastian Bergeret.Trabajo presentado al 5th international interdisciplinary meeting on bioanalysis celebrado en Brno (Republica Checa) del 24 al 25 de noviembre de 2008.Trabajo presentado en el XIII Congreso Nacional de Acuicultura, celebrado en Barcelona del 21 al 24 de noviembre de 2011.Resumen del trabajo presentado al Seminar Ingenio (CSIC-UPV) celebrado en la Universidad Politecnica de Valencia el 18 de octubre de 2016.Consejo Superior de Investigaciones Cientificas aporta financiacion como institucion fundacional de The Conversation ES.Capitulo 1 del libro presentado en la IV Reunion Plenaria de la Red de Excelencia Consolider: Procarse, celebrada en Caceres del 4 al 5 de octubre de 2017, que recoje los trabajos realizados por los grupos de investigacion en los tres anos de duracion de la Red.Fotografias de una muestra de vertebras y huesos de las extramidades de lobo marino. Se incluyen tambien fotografias de trazas sobre estos huesos.Memoria presentada para optar al titulo de Doctor otorgado por la Universidad de Cantabria por Raul Fernandez Cobos y que ha sido realizada en el Instituto de Fisica de Cantabria.Resumen del trabajo presentado al XIV International Meeting of the European Calcium Society: Calcium Signaling in Renaissance, celebrado en Valladolid (Espana) del 25 al 29 de septiembre de 2016.Wood is the main renewable material on Earth and is largely used as building material and in paper-pulp manufacturing. This review describes the composition of lignocellulosic materials, the different processes by which fungi are able to alter wood, including decay patterns caused by white, brown, and soft-rot fungi, and fungal staining of wood. The chemical, enzymatic, and molecular aspects of the fungal attack of lignin, which represents the key step in wood decay, are also discussed. Modern analytical techniques to investigate fungal degradation and modification of the lignin polymer are reviewed, as are the different oxidative enzymes (oxidoreductases) involved in lignin degradation. These include laccases, high redox potential ligninolytic peroxidases (lignin peroxidase, manganese peroxidase, and versatile peroxidase), and oxidases. Special emphasis is given to the reactions catalyzed, their synergistic action on lignin, and the structural bases for their unique catalytic properties. Broadening our knowledge of lignocellulose biodegradation processes should contribute to better control of wood-decaying fungi, as well as to the development of new biocatalysts of industrial interest based on these organisms and their enzymes.La autora de esta memoria ha disfrutado de una ayuda del programa JAE Predoc para la formacion del personal investigador del Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (CSIC) cofinanciada por el Fondo Social Europeo. Los trabajos que componen esta memoria han sido financiados por los Ministerios de Ciencia e Innovacion (MICINN; AGL2008-04805) y de Economia y Competitividad (MINECO; AGL2011-23700).Trabajo presentado en EuropaCat: 11th European Congress on Catalysis, celebrado en Lyon (Francia) del 1 al 6 de septiembre de 2013.Over the last decades Disability Rights Movement (DRM) has opened to public debate the predicament of disabled people. Expressions such as Disability Culture or Disability identity are becoming common in an effort to assimilate the challenges that people with disabilities face in western society. The article discusses the strengths and the limitations of the multicultural paradigm to assess the situation of people with disabilities.Electric-arc-obtained single-walled carbon nanotubes (SWNTs) have been chemically activated by treatment with KOH. It results in a development of porosity without destroying the SWNTs entangled structure. The chemically activated sample shows a specific capacitance of ca. 100 F·g, maximum energy density of 4 Wh·kg and maximum power density of 300 W·kg. The electrochemical response of the chemically activated sample is compared with the response found in the raw sample and in a physically activated sample. Introduction Carbon materials with high surface area are, in principle, appropriate as electrode materials for electrochemical double layer (ECDL) capacitors. In fact, it is well known that the capacitance is associated with the electrical charge at the electrode-electrolyte interface and thus that magnitude depends on the extent of the surface area. In accordance with this, activated carbons seem to be suitable electrode materials for ECDL capacitors because of their high surface area, (BET surface values can be higher than 2500 m·g). Most of the commercially available supercapacitors contain activated carbons as electrodes. On the other hand, carbon nanotubes were soon probed as active electrode materials for ECDL capacitors with initial promising results [1] . Good behavior can be expected from multi walled (MWNTs) and single walled (SWNTs) nanotubes due to their low mass density, morphology, mechanical properties [2] and porous structure. Moreover, values of specific capacitance that are comparable to those exhibited by high area activated carbons can be strikingly reached with carbon nanotubes, although these present lower BET surface areas. This effect is observable at moderately high current drains and it is probably due to the SWNTs structure in form of entangled network and to the mesoporosity that is usually present in the samples [3]. Conventional activation methods for carbons can be applied to develop surface in carbon nanotubes. Chemical activation methods using KOH as reagent are known to lead to very high BET surface areas. MWNTs obtained by means of chemical vapor deposition (CVD) have been previously activated with KOH treatment and an enhancement of specific capacitance has been observed, the increase being up to six times the original value (from 15 to 90 F·g) [4]. On the other hand, previous studies in mineral activated carbons [5] and carbon fabrics [6] indicate that the enhancement of specific capacitance after KOH activation is mainly due to surface development but also to the introduction of oxygen containing groups that improve the wettability of the material and can produce some pseudocapacitance contribution. In the preset work, SWNTs have been chemically activated with KOH and the effect of this activation on the electrochemical behavior has been studied. Specific capacitance, energy density and power density have been measured and compared with those obtained in raw SWNTs and in air oxidized SWNTs. The entangled structure of the SWNTs, which probably favors the electrolyte diffusion, remains after KOH activation. The chemically treated SWNTs show better electrochemical performance compared to the other two samples.Tesis doctoral de la Universidad de Leon y el Instituto de Ganaderia de Montana (IGM-CSIC). Leon, 19 de junio del 2019.Memoria de tesis doctoral presentada por Carmen Herrero Navarro para obtener el titulo de Doctora en Oceanografia por la Universidad de Las Palmas de Gran Canaria (ULPGC), realizada bajo la direccion del Dr. Antonio Garcia-Olivares Rodriguez del Institut de Ciencies del Mar (ICM-CSIC).-- 220 pagesResumen del trabajo presentado al International Symposium on Immunonutrition (10th Anniversary), celebrado en Madrid (Espana) del 17 al 19 de julio de 2017.Memoria presentada por Merichel Plaza del Moral para optar al grado de Doctor en Ciencia y Tecnologia de los Alimentos.La replicacion y la transcripcion del ADN suceden al mismo tiempo y en la misma molecula de ADN de modo que su correcta interaccion asegura la duplicacion precisa del material genetico. La replicacion del ADN se debe tambien coordinar con otros eventos del ciclo celular, como la segregacion de los cromosomas replicados para, de este modo, mantener la estabilidad del genoma. La transcripcion forma hibridos de ARN:ADN, estructuras intermediarias transitorias que son degradadas por unas enzimas denominadas ribonucleasas H (RNasaH). Los ?R-loops? de triple hebra son formas termodinamicamente estables de los hibridos de ARN:ADN cuya acumulacion puede comprometer la replicacion e integridad del genoma. La replicacion del ADN se inicia durante la fase S a partir de origenes de replicacion bien definidos y requiere la actividad de primasas especializadas para generar cebadores de ARN para la sintesis del ADN. No obstante en procariotas como el bacteriofago T7 o plasmidos de E.coli, y en el ADN mitocondrial, los hibridos ARN:ADN pueden iniciar replicacion fuera del origen. En esta tesis, describimos por primera vez en un genoma eucariota la formacion de intermediarios de replicacion que indican una iniciacion de replicacion mediada por hibridos ARN:ADN en el ADN ribosomico de S. cerevisiae. Estos eventos de replicacion no programadas son dependientes de la transcripcion e inducidos por el aumento de estres torsional como consecuencia de la eliminacion de la actividad de Top1. Nombramos este proceso replicacion iniciada por transcripcion (TIR pos sus siglas en ingles) y sugerimos que estos eventos pueden ser altamente mutagenicos siendo de particular relevancia en enfermedades geneticas asi como para la evolucion. Mediante analisis genetico demostramos que las celulas que no poseen actividades RNasaH depende de las vias de reparacion de dano en el ADN de la recombinacion homologa y la reparacion post-replicativa para enfrentarse a los impactos perjudiciales de los R-loops. De particular importancia es el hecho que el complejo MRC1, un mediador del checkpoint replicativo, es fundamental para tolerar la falta de actividad de RNasaH. Nuestros datos indican que el ?bypass? replicativo de los R-loops podria depender de la estabilidad de las horquillas de replicacion mediada por Mrc1 pero independiente de Rad53 o puede apuntar a un papel novedoso y sin definir del complejo MRC1. Por ultimo, demonstramos que los R-loops provocan dificultades en la segregacion de los cromosomas y la organizacion nucleolar. Como consecuencia, decrece la accion de la fosfatasa Cdc14 (un factor clave en la salida de mitosis) y, en concordancia, observamos un misregulacion de las ciclinas de tipo B. Asi, la acumulacion de R-loops lleva a una entrada prematura en la fase S y promueven eventos apoptoticos. En estudios previos se ha relacionado la ausencia de la actividad RNasaH con mortalidad embrionaria en ratones que no poseen RNasaH1 y la enfermedad neurologica del sindrome de Aicardi-Goutieres (AGS) en humanos que no poseen RNasaH2. Los hallazgos presentados en esta tesis amplian este conocimiento y destacan la importancia del procesamiento de los R-loops en la estabilidad del genoma y la evolucion.This research has received funding from the Spanish Ministry of Science, Innovation and Universities and the European Union FEDER under project grant SYNBIOCONTROL (DPI2017-82896-C2-2-R) and the CSIC intramural project grant MOEBIUS (PIE 202070E062). The funding bodies played no role in the design of the study, the collection and analysis of the data or in the writing of the manuscript.This paper studies the advance of the /ʎ/-/ʝ/ merger (yeismo) from the 1930s in territories linguistically considered transitional between northern and southern Castilian, in rural speeches from the center of the Iberian Peninsula. Its starting point is the Atlas Linguistico de la Peninsula Iberica (ALPI) maps, and the paper published on them by Tomas Navarro Tomas, comparing them to those from the Atlas Linguistico y etnografico de Castilla-La Mancha (ALeCMan) and from the Atlas Dialectal de Madrid (ADiM). Our results allow us to confirm the unstoppable progress of the /ʎ/-/ʝ/ merger and the geographical direction of the change.83 paginas.-- 81 figuras.-- 38 tablas.-- 19 referencias.-- Memoria presentada en el XX Curso Internacional de Edafologia y BiologiaResumen del trabajo presentado al Joint FEPS & XXXVI Spanish Physiological Society Congress (Sociedad Espanola de Ciencias Fisiologicas) celebrado en Santiago de Compostela (Espana) del 8 al 11 de septiembre de 2012.

Lignin-Derived Compounds as Efficient Laccase Mediators for Decolorization of Different Types of Recalcitrant Dyes

ABSTRACT Ten phenols were selected as natural laccase mediators after screening 44 different compounds with a recalcitrant dye (Reactive Black 5) as a substrate. Their performances were evaluated at different mediator/dye ratios and incubation times (up to 6 h) by the use of Pycnoporus cinnabarinus and Trametes villosa laccases and were compared with those of eight known synthetic mediators (including -NOH- compounds). Among the six types of dyes assayed, only Reactive Blue 38 (phthalocyanine) was resistant to laccase-mediator treatment under the conditions used. Acid Blue 74 (indigoid dye), Reactive Blue 19 (anthraquinoid dye), and Aniline Blue (triarylmethane-type dye) were partially decolorized by the laccases alone, although decolorization was much more efficient and rapid with mediators, whereas Reactive Black 5 (diazo dye) and Azure B (heterocyclic dye) could be decolorized only in the presence of mediators. The efficiency of each natural mediator depended on the type of dye to be treated but, with the only exception being Azure B (<50% decolorization), nearly complete decolorization (80 to 100%) was attained in all cases. Similar rates were attained with the best synthetic mediators, but the reactions were significantly slower. Phenolic aldehydes, ketones, acids, and esters related to the three lignin units were among the best mediators, including p-coumaric acid, vanillin, acetovanillone, methyl vanillate, and above all, syringaldehyde and acetosyringone. The last two compounds are especially promising as ecofriendly (and potentially cheap) mediators for industrial applications since they provided the highest decolorization rates in only 5 to 30 min, depending on the type of dye to be treated.

Genome, transcriptome, and secretome analysis of wood decay fungus Postia placenta supports unique mechanisms of lignocellulose conversion

Brown-rot fungi such as Postia placenta are common inhabitants of forest ecosystems and are also largely responsible for the destructive decay of wooden structures. Rapid depolymerization of cellulose is a distinguishing feature of brown-rot, but the biochemical mechanisms and underlying genetics are poorly understood. Systematic examination of the P. placenta genome, transcriptome, and secretome revealed unique extracellular enzyme systems, including an unusual repertoire of extracellular glycoside hydrolases. Genes encoding exocellobiohydrolases and cellulose-binding domains, typical of cellulolytic microbes, are absent in this efficient cellulose-degrading fungus. When P. placenta was grown in medium containing cellulose as sole carbon source, transcripts corresponding to many hemicellulases and to a single putative β-1–4 endoglucanase were expressed at high levels relative to glucose-grown cultures. These transcript profiles were confirmed by direct identification of peptides by liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). Also up-regulated during growth on cellulose medium were putative iron reductases, quinone reductase, and structurally divergent oxidases potentially involved in extracellular generation of Fe(II) and H2O2. These observations are consistent with a biodegradative role for Fenton chemistry in which Fe(II) and H2O2 react to form hydroxyl radicals, highly reactive oxidants capable of depolymerizing cellulose. The P. placenta genome resources provide unparalleled opportunities for investigating such unusual mechanisms of cellulose conversion. More broadly, the genome offers insight into the diversification of lignocellulose degrading mechanisms in fungi. Comparisons with the closely related white-rot fungus Phanerochaete chrysosporium support an evolutionary shift from white-rot to brown-rot during which the capacity for efficient depolymerization of lignin was lost.

Molecular biology and structure-function of lignin-degrading heme peroxidases

Abstract Three peroxidases involved in lignin degradation are produced by white-rot fungi. Lignin peroxidase (LiP) is characterized by oxidation of high redox-potential aromatic compounds (including veratryl alcohol) whereas manganese peroxidase (MnP) requires Mn 2+ to complete the catalytic cycle and forms Mn 3+ chelates acting as diffusing oxidizers. Pleurotus and Bjerkandera versatile peroxidase (VP) is able to oxidize Mn 2+ as well as non-phenolic aromatic compounds, phenols and dyes. Phanerochaete chrysosporium has two gene families including ten LiP-type and three MnP-type genes coding different isoenzymes expressed during secondary metabolism. Two VP genes have been recently cloned from Pleurotus eryngii. Phanerochaete chrysosporium MnP and P. eryngii VP are induced by H 2 O 2 , being Mn 2+ involved in regulation of their transcript levels. At least eighteen more ligninolytic peroxidase genes have been cloned from other white-rot fungi. Protein sequence comparison reveals that typical MnP from P. chrysosporium and two other fungi (showing a longer C-terminal tail) are separated from other ligninolytic peroxidases, which form two main groups including P. chrysosporium LiP and Pleurotus peroxidases respectively. LiP and MnP crystal structures and VP theoretical molecular models are available. The high redox potential of ligninolytic peroxidases seems related to the distance between heme iron and proximal histidine, and the ability of MnP to oxidize Mn 2+ is due to a Mn-binding site formed by three acidic residues near the internal heme propionate. Pleurotus eryngii VP show higher sequence and structural affinities with P. chrysosporium LiP than MnP, but includes a Mn-binding site accounting for its ability to oxidize Mn 2+ . The functionality of this site was demonstrated by site-directed mutagenesis of MnP and VP. All fungal peroxidases, which exhibit similar topology (11–12 helices) and folding, also include binding sites for two structural Ca 2+ . Veratryl alcohol was first modeled near LiP heme, but evidence for oxidation at the protein surface via a long-range electron transfer pathway has accumulated. Chemical and site-directed mutagenesis modification confirmed that an exposed tryptophan is involved in veratryl alcohol oxidation however, multiple sites could be responsible for oxidation of different aromatic substrates and dyes by these peroxidases.

Microbial degradation of lignin: how a bulky recalcitrant polymer is efficiently recycled in nature and how we can take advantage of this.

Lignin is the second most abundant constituent of the cell wall of vascular plants, where it protects cellulose towards hydrolytic attack by saprophytic and pathogenic microbes. Its removal represents a key step for carbon recycling in land ecosystems, as well as a central issue for industrial utilization of plant biomass. The lignin polymer is highly recalcitrant towards chemical and biological degradation due to its molecular architecture, where different non‐phenolic phenylpropanoid units form a complex three‐dimensional network linked by a variety of ether and carbon–carbon bonds. Ligninolytic microbes have developed a unique strategy to handle lignin degradation based on unspecific one‐electron oxidation of the benzenic rings in the different lignin substructures by extracellular haemperoxidases acting synergistically with peroxide‐generating oxidases. These peroxidases posses two outstanding characteristics: (i) they have unusually high redox potential due to haem pocket architecture that enables oxidation of non‐phenolic aromatic rings, and (ii) they are able to generate a protein oxidizer by electron transfer to the haem cofactor forming a catalytic tryptophanyl‐free radical at the protein surface, where it can interact with the bulky lignin polymer. The structure–function information currently available is being used to build tailor‐made peroxidases and other oxidoreductases as industrial biocatalysts.

DESCRIPTION OF A VERSATILE PEROXIDASE INVOLVED IN THE NATURAL DEGRADATION OF LIGNIN THAT HAS BOTH MANGANESE PEROXIDASE AND LIGNIN PEROXIDASE SUBSTRATE INTERACTION SITES

Two major peroxidases are secreted by the fungusPleurotus eryngii in lignocellulose cultures. One is similar to Phanerochaete chrysosporiummanganese-dependent peroxidase. The second protein (PS1), although catalyzing the oxidation of Mn2+ to Mn3+ by H2O2, differs from the above enzymes by its manganese-independent activity enabling it to oxidize substituted phenols and synthetic dyes, as well as the lignin peroxidase (LiP) substrate veratryl alcohol. This is by a mechanism similar to that reported for LiP, as evidenced byp-dimethoxybenzene oxidation yielding benzoquinone. The apparent kinetic constants showed high activity on Mn2+, but methoxyhydroquinone was the natural substrate with the highest enzyme affinity (this and other phenolic substrates are not efficiently oxidized by the P. chrysosporium peroxidases). A three-dimensional model was built using crystal models from four fungal peroxidase as templates. The model suggests high structural affinity of this versatile peroxidase with LiP but shows a putative Mn2+ binding site near the internal heme propionate, involving Glu36, Glu40, and Asp181. A specific substrate interaction site for Mn2+ is supported by kinetic data showing noncompetitive inhibition with other peroxidase substrates. Moreover, residues reported as involved in LiP interaction with veratryl alcohol and other aromatic substrates are present in peroxidase PS1 such as His82 at the heme-channel opening, which is remarkably similar to that of P. chrysosporiumLiP, and Trp170 at the protein surface. These residues could be involved in two different hypothetical long range electron transfer pathways from substrate (His82-Ala83-Asn84-His47-heme and Trp170-Leu171-heme) similar to those postulated for LiP.

Molecular characterization of a novel peroxidase isolated from the ligninolytic fungus Pleurotus eryngii

A haem peroxidase different from other microbial, plant and animal peroxidases is described. The enzyme is secreted as two isoforms by dikaryotic Pleurotus eryngii in peptone‐containing liquid medium. The corresponding gene, which presents 15 introns and encodes a 361‐amino‐acid protein with a 30‐amino‐acid signal peptide, was isolated as two alleles corresponding to the two isoforms. The alleles differ in three amino acid residues and in a seven nucleotide deletion affecting a single metal response element in the promoter. When compared with Phanerochaete chrysosporium peroxidases, the new enzyme appears closer to lignin peroxidase (LiP) than to Mn‐dependent peroxidase (MnP) isoenzymes (58–60% and 55% identity respectively). The molecular model built using crystal structures of three fungal peroxidases as templates, also showed high structural affinity with LiP (Cα‐distance 1.2 Å). However, this peroxidase includes a Mn2+ binding site formed by three acidic residues (E36, E40 and D175) near the haem internal propionate, which accounts for the ability to oxidize Mn2+. Its capability to oxidize aromatic substrates could involve interactions with aromatic residues at the edge of the haem channel. Another possibility is long‐range electron transfer, e.g. from W164, which occupies the same position of LiP W171 recently reported as involved in the catalytic cycle of LiP.

Comparative genomics of Ceriporiopsis subvermispora and Phanerochaete chrysosporium provide insight into selective ligninolysis

Efficient lignin depolymerization is unique to the wood decay basidiomycetes, collectively referred to as white rot fungi. Phanerochaete chrysosporium simultaneously degrades lignin and cellulose, whereas the closely related species, Ceriporiopsis subvermispora, also depolymerizes lignin but may do so with relatively little cellulose degradation. To investigate the basis for selective ligninolysis, we conducted comparative genome analysis of C. subvermispora and P. chrysosporium. Genes encoding manganese peroxidase numbered 13 and five in C. subvermispora and P. chrysosporium, respectively. In addition, the C. subvermispora genome contains at least seven genes predicted to encode laccases, whereas the P. chrysosporium genome contains none. We also observed expansion of the number of C. subvermispora desaturase-encoding genes putatively involved in lipid metabolism. Microarray-based transcriptome analysis showed substantial up-regulation of several desaturase and MnP genes in wood-containing medium. MS identified MnP proteins in C. subvermispora culture filtrates, but none in P. chrysosporium cultures. These results support the importance of MnP and a lignin degradation mechanism whereby cleavage of the dominant nonphenolic structures is mediated by lipid peroxidation products. Two C. subvermispora genes were predicted to encode peroxidases structurally similar to P. chrysosporium lignin peroxidase and, following heterologous expression in Escherichia coli, the enzymes were shown to oxidize high redox potential substrates, but not Mn2+. Apart from oxidative lignin degradation, we also examined cellulolytic and hemicellulolytic systems in both fungi. In summary, the C. subvermispora genetic inventory and expression patterns exhibit increased oxidoreductase potential and diminished cellulolytic capability relative to P. chrysosporium.

A study on reducing substrates of manganese-oxidizing peroxidases from Pleurotus eryngii and Bjerkandera adusta

A novel peroxidase, oxidizing Mn2+ and different aromatic compounds, was isolated. Hydroquinones, substituted phenols, dyes, other aromatic compounds and Mn2+ were compared as reducing substrates, and conclusions presented in the light of a molecular model built by homology modeling. The enzymes showed the fastest reaction rates with Mn2+, but the highest affinity corresponded to hydroquinones and dyes. Oxidation of Reactive Black 5 (an azo‐dye not oxidized by Mn3+) was non‐competitively inhibited by Mn2+. These findings, together with identification of putative Mn‐binding site (involving Glu36, Glu40, Asp175 and inner heme propionate) and long‐range electron transfer pathways, indicate that different sites are involved in substrate oxidation.