Daniel Scherly

Structure and transcription termination of a lysine tRNA gene from Xenopus laevis

Termination of RNA polymerase III transcripts commonly occurs at clusters of T residues. A T4 tract located 72 base-pairs beyond a lysine tRNA gene from Xenopus laevis serves as an efficient termination site for the tRNA(Lys) precursors synthesized from this gene in homologous cell-free extracts. Nucleotides following this T tract influence the extent of read-through transcription in vitro, but in a way that differs from Xenopus 5 S RNA termination. Only approximately 50% of the transcripts initiated in vitro extend as far as this downstream T cluster. The remainder prematurely terminate at a second T4 tract located within the gene itself. The contrasting behaviour of these two T tracts in injected oocytes indicates that termination can be influenced by more than just RNA polymerase III alone, and that different components may contribute to, or hinder, termination at these sites. Prematurely terminated tRNA(Lys) transcripts are detectable in RNA from ovary tissue but not from a kidney cell line, suggesting that read-through transcription beyond intragenic T clusters can be modulated in vivo.

Evaluation of hypertext in an activity learning environment

This paper presents a study which evaluates the use and efficiency of two computer learning tools for basic virology. The first, VIROLAB, is a simulation of a biology laboratory in which the learner uses virtual lab facilities to help defective viruses to multiply. The system also includes a hypertext that provides learners with some knowledge on virology. The second tool is the hypertext which has been extracted from VIROLAB and which is now considered as an independent learning environment. This study addressed two specific questions: (1) which of the two tools was the most efficient for knowledge acquisition, and (2) were there any differences in the use of the two hypertexts? Comparison of pre- and post-test scores showed that neither of the two learning tools is better than the other. However, analysis of the navigation paths showed that VIROLAB users dissociated the reading of the integrated hypertext from the problem resolution activities. The implications of this finding for the design of the learning environment are discussed.

Simulation du raisonnement clinique sur ordinateur : le patient virtuel

Le raisonnement clinique est une competence essentielle a acquerir lors de la formation de professionnels de sante, particulierement des medecins. L’entrainement de cette competence se fait traditionnellement au lit du malade lors d’une pratique supervisee ou par des seminaires de raisonnement en petits groupes permettant de simuler l’acquisition iterative d’information relative a un patient presentant un probleme medical qu’il faut resoudre [1]. L’usage de simulation informatisee de consultation medicale avec des patients virtuels (PV) semble particulierement bien adapte pour reproduire le processus partant de la plainte du patient et permettant l’acquisition d’informations supplementaires guidee par les hypotheses diagnostiques a tester [2–4]. L’acquisition de competences en raisonnement exige par ailleurs une pratique au travers d’un grand nombre de cas pour evoluer vers un mode de raisonnement plus expert, base sur la reconnaissance plus globale d’un tableau clinique [5]. Cependant, cette exigence se heurte a une diminution d’acces aux patients en milieux cliniques alors que les autorites de certification s’attendent a ce que les etudiants aient deja acquis un minimum de competences avant d’acceder aux patients [6]. Un apprentissage repete, structure, sans risque pour le patient, represente ainsi un autre atout de la simulation avec patient virtuel permettant d’attenuer cette contradiction [6]. Selon Cook et Triola [6], un patient virtuel est un « logiciel qui simule des scenarios de cas cliniques realistes ou l’apprenant prend le role d’un professionnel de la sante (medecin, infirmier, professions paramedicales, etc.) qui doit obtenir des informations sur l’histoire medicale du patient, pratiquer un examen physique sur ce dernier, poser un diagnostic et prendre des decisions therapeutiques. » Typiquement, l’ordinateur affiche a l’ecran une breve description du cas ou la problematique initiale. L’apprenant doit ensuite interroger le patient virtuel soit en dactylographiant un texte libre soit en operant un choix parmi une liste de questions possibles. Ces dernieres peuvent etre recherchees dans des menus de systemes physiologiques (ORL, cardiovasculaire, pulmonaire, etc.) ou dans une liste apparaissant selon les mots cles introduits par l’utilisateur dans sa question. Une fois l’anamnese terminee, l’apprenant peut proceder a l’examen physique en selectionnant sur une image les parties corporelles a examiner, en visionnant ou en ecoutant des informations multimedia, ou en interrogeant le systeme sur le resultat de certaines manœuvres de l’examen (auscultation cardiaque, palpation abdominale, etc.), entre autres. L’utilisateur peut ensuite demander des informations supplementaires sur des examens de laboratoire ou d’imagerie medicale. Selon les cas, il doit finalement proposer un diagnostic et un plan therapeutique. En fonction des objectifs de l’exercice, ces diverses etapes peuvent bien sur etre adaptees et modifiees par les createurs des cas.