Mónica Duarte

The Combined Expression Patterns of Ikaros Isoforms Characterize Different Hematological Tumor Subtypes

A variety of genetic alterations are considered hallmarks of cancer development and progression. The Ikaros gene family, encoding for key transcription factors in hematopoietic development, provides several examples as genetic defects in these genes are associated with the development of different types of leukemia. However, the complex patterns of expression of isoforms in Ikaros family genes has prevented their use as clinical markers. In this study, we propose the use of the expression profiles of the Ikaros isoforms to classify various hematological tumor diseases. We have standardized a quantitative PCR protocol to estimate the expression levels of the Ikaros gene exons. Our analysis reveals that these levels are associated with specific types of leukemia and we have found differences in the levels of expression relative to five interexonic Ikaros regions for all diseases studied. In conclusion, our method has allowed us to precisely discriminate between B-ALL, CLL and MM cases. Differences between the groups of lymphoid and myeloid pathologies were also identified in the same way.

El perfil de splicing del factor de transcripción ikaros caracteriza subtipos de neoplasias hematológicas

Introduccion La familia Ikaros de factores de transcripcion incluye genes cruciales en desarrollo hematopoyetico y que se han visto relacionados con el desarrollo de diferentes tipos de neoplasias hematologicas. Sin embargo, la compleja expresion de las isoformas en esta familia ha impedido cualquier utilidad clinica de las misma y esta el momento solo se ha caracterizado la presencia de ciertas isoformas en casos de leucemias y que, sin embargo, tambien aparecen en individuos sanos. Objetivo Basandonos en lo anterior, en el presente estudio se propone la estandarizacion una nueva metodologia que permita el estudio del conjunto completo de isoformas en la muestra, ya que todo parece indicar que es el desequilibrio de isoformas lo que se podria asociar a la enfermedad. Materiales y metodos Para ello se cuantificaron las regiones inter-exonicas de Ikaros a traves de qRT-PCR lo que permitio describir un perfil de expresion para el conjunto de isoformas presentes en cada paciente, que incluye diferencias de expresion de determinados exones, asi como presencia de procesamientos no canonicos. Resultados De esta manera hemos sido capaces de discriminar grupos de patologias, pudiendo discriminar grupos de leucemias linfoides agudas, leucemias linfoides cronicas, leucemias mieloides cronicas y mielomas multiples. Del mismo modo se encontraron diferencias entre los grupos de estirpe linfoides frente a los mieloides. Adicionalmente, se describio la evolucion del perfil de expresion de un paciente diagnosticado de leucemia mieloide cronica que evoluciono a leucemia linfoide aguda y que permitio observar variaciones moleculares en este tipo de patologias evolutivas. Conclusiones Estos resultados permiten inferir que el conjunto de isoformas Ikaros, y no la sobre-expresion de una sola de ellas, es caracteristico de la enfermedad y por tanto su estudio puede llegar a ser un buen marcador diagnostico. Ademas existen caracteristicas concretas, como la presencia de procesamientos no canonicos, que permitirian una implementacion rapida para el diagnostico de subgrupos dentro de algunas de las patologias y cuyo estudio es de alto interes ante la posibilidad de que supongan algun tipo de caracteristicas pronosticas.