Nuran Esen

Multicenter evaluation of crystal violet decolorization assay (CVDA) for rapid detection of isoniazid and rifampicin resistance in Mycobacterium tuberculosis

The aim of this multicenter study was to evaluate the performance of the crystal violet decolorization assay (CVDA) for detection of multidrug resistant tuberculosis (MDR-TB). This study was performed in 11 centers in two phases. A total of 156 isolates were tested for INH and RIF resistance. In the phase I, 106 clinical isolates were tested in the Center 1–7. In the phase 2, 156 clinical isolates were tested in the center 1–6, center 8–11. Eighty six of 156 tested isolates were the same in phase I. Agreements were 96.2–96.8% for INH and 98.1–98.7% for RIF in the phase I-II, respectively. Mean time to obtain the results in the phase I was 14.3 ± 5.4 days. In the phase II, mean time to obtain the results was 11.6 ± 3.5 days. Test results were obtained within 14days for 62.3% (66/106) of isolates in the phase I and 81.4% (127/156) of isolates in the phase II. In conclusion, CVDA is rapid, reliable, inexpensive, and easy to perform for rapid detection of MDR-TB isolates. In addition, it could be adapted for drug susceptibility testing with all drugs both in developed and developing countries.

Comparison of polymerase chain reaction-restriction enzyme analysis method and DNA sequence analysis results in the identification of non-tuberculous mycobacteria

The typing of non-tuberculous mycobacteria (NTM) is important from a clinical and epidemiological perspective. The polymerase chain reaction-restriction enzyme analysis (PRA) method and DNA sequence analysis method were utilized to target a gene region that codes the 65-kDa heat-shock protein for typing 150 suspected NTM samples isolated from the respiratory tract. Mycobacterium abscessus, Mycobacterium xenopi, Mycobacterium fortuitum, and Mycobacterium peregrinum were most frequently found by both methods. Six isolates that could not be defined by the PRA method were defined as Nocardia cyriacigeorgica, Nocardia abscessus, and Mycobacterium intracellulare by DNA sequence analysis. Discordance between the results of the two methods was observed for only one isolate. The isolate that was defined as Mycobacterium gordonae type 6 by the PRA method was defined as Mycobacterium senegalense by sequence analysis. The PRA method is simple and gives rapid results. Compared with DNA sequence analysis, it gives consistent and reliable results up to a ratio of 90%. DNA sequence analysis is the gold standard method in which all strains can be defined. However, given our laboratory conditions, its disadvantage is that it takes longer to reach a diagnosis than through the PRA method.

Children with Mycobacterial Cervical Lymphadenitis: a Case Series

Introduction: Lymphadenopathy is a common clinical problem in pediatric age group. Tuberculous lymphadenopathy is a prominent cause of peripheral adenopathy amongst children in the developing countries. Tuberculous lymphadenitis is among the most frequent presentations of extrapulmonary tuberculosis. In this article, we presented five pediatric cases with mycobacterial infection detected in cervical lymph nodes.Case Presentation: First case admitted with a painless swelling in cervical and axillar regions and pathologic examination of the extirpated lymph node showed necrotizing granulomatous lymphadenitis. Second case presented with two months history of abdominal pain and painless swelling of right cervical region and Mycobacterium tuberculosis (MTB) was grown in culture from the lymph node. Third case admitted with a painless cervical mass, her sputum was found positive for MTB. Fourth case was admitted with one year history of swelling that became fistulized in 6 months and lymph node culture was found positive for MTB. Fifth case, admitted with a painful swelling in left upper gingival mucosa and extirpated lymph node showed chronic granulomatous inflammation.Conclusion: Pathological and microbiological examination of tissues such as cervical enlarged lymph nodes should be evaluated for diagnosis of tuberculous infections.

Mikobakteriyel Servikal Lenfadenitli Çocuklar: Vaka Serisi

Introduction: Lymphadenopathy is a common clinical problem in pediatric age group. Tuberculous lymphadenopathy is a prominent cause of peripheral adenopathy amongst children in the developing countries. Tuberculous lymphadenitis is among the most frequent presentations of extrapulmonary tuberculosis. In this article, we presented five pediatric cases with mycobacterial infection detected in cervical lymph nodes.Case Presentation: First case admitted with a painless swelling in cervical and axillar regions and pathologic examination of the extirpated lymph node showed necrotizing granulomatous lymphadenitis. Second case presented with two months history of abdominal pain and painless swelling of right cervical region and Mycobacterium tuberculosis (MTB) was grown in culture from the lymph node. Third case admitted with a painless cervical mass, her sputum was found positive for MTB. Fourth case was admitted with one year history of swelling that became fistulized in 6 months and lymph node culture was found positive for MTB. Fifth case, admitted with a painful swelling in left upper gingival mucosa and extirpated lymph node showed chronic granulomatous inflammation.Conclusion: Pathological and microbiological examination of tissues such as cervical enlarged lymph nodes should be evaluated for diagnosis of tuberculous infections.

Etiology and Epidemiology of Community-Acquired Pneumonia in Turkey

Bu çalışma Toraks Derneği 7. Yıllık Kongresi’nde (28 Nisan-1 Mayıs 2004 Antalya, Türkiye) sunulmuştur. Yazışma Adresi / Address for Correspondence: Fidan Sever, Şifa Üniversitesi Bornova Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Göğüs Hastalıkları Kliniği, İzmir, Türkiye Tel: +90 232 343 44 45 E-posta: fidanyildiz@yahoo.com tespiti ve tedaviye yönelik standardizasyon önemlidir. Böylece tedavi maliyetinin düşürülmesi, antibiyotik direncinin önlenmesi ve mortalitenin azaltılması amaçlanır. Bu nedenle epidemiyolojik verilere dayalı tedavi protokolleri oluşturulan ulusal rehberler hazırlanmaktadır [7-10]. Türkiye’de TKP tanı ve tedavi rehberi hazırlanmıştır ancak ülkemizde TKP epidemiyolojisi ile ilişkili sınırlı veri olduğu için bu rehber ağırlıklı olarak Türkiye dışında yapılmış çalışma sonuçları ve uzman görüşleri dikkate alınarak oluşturulmuştur. Türkiye’de tedavi yaklaşımının daha doğru temeller üzerine oturabilmesi için TKP epidemiyolojisine yönelik bilgi birikimine katkıda bulunabilmek amacı ile hastaneye müracaat eden TKP’li olguların özelliklerini, risk faktörlerini, infeksiyon etkenlerinin dağılımını, pnömoni şiddeti ile sorumlu etkenler arasındaki ilişkinin incelenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntemler Aralık 2001 ve Aralık 2002 tarihleri arasında hastanemizde başvurarak TKP tanısı alan hastalar prospektif olarak değerlendirildi. Olgulara yaş, cinsiyet, sigara öyküsü ve risk faktörleri (sigara içme öyküsü, IV ilaç alımı, kortikosteroid tedavi, kemoterapi) sorgulandı. Diabetes mellitus (DM), kanser, Kronik Obstruktif Akciğer Hastalığı (KOAH), Koroner arter hastalığı (KAH), böbrek yetmezliği, kronik karaciğer hastalığı gibi eşlik eden hastalıklar kaydedildi. Fizik muayene, hemogram, akciğer grafi bulguları not edildi. Hastaların klinik özellikleri, Amerikan Toraks Derneği (ATS) tanı rehberlerine göre belirlendi ve gruplandırıldı [11]. Toplum kökenli pnömoni tanı kriteri: 1. Ateş (axiller ≥38.30C), 2. Akciğer grafisinde yeni infiltrasyon 3. En az birinin varlığı; a. Solunumsal semptom (öksürük, balgam, göğüs ağrısı), b. Extrapulmoner semptom (diare, baş ağrısı, kas-eklem ağrısı), c. Patolojik solunum sistemi fizik muayene bulgusu saptanması, 18 yaşından küçük olan, çalışmaya katılmayı istemeyen, hastaneden taburcu olalı 72 saatten daha az olan ve antibiyotik tedavisi alan hastalar dışlandı. Mikrobiyolojik Tanısal Yöntemler İlk başvuruda balgam/indükte balgam, 10 mL kan, 10 mL idrar örnekleri alındı [12]. On dördüncü gün kontrolünde ise 10 mL kan alındı. Balgam örnekleri kültür için derhal laboratuvara gönderildi. Alınan kan santrifüj edildikten sonra serumu ayrılarak 4 ayrı tüpte, idrar örnekleri ise iki ayrı tüpte -20°C’de saklandı. Serumlar ve kit içerikleri oda ısısına geldikten sonra testler gerçekleştirildi. S. pneumoniae, H. influenzae ve diğer bakterilerin saptanması için alınan balgam örneklerinin Gram boyası ve kültürleri yapıldı [13,14]. Serum örneklerinde M. pneumoniae antikorlarının saptanması için indirekt immunofluoresan testi (IFA) testi (Euroimmun-Germany) uygulandı. İlk serum örneğinde IgM antikor titresinin 1:10 üstünde olması akut infeksiyon kabul edildi. IgG antikor titresinin iki serum örneği arasında dört kat veya daha fazla artışı pozitif infeksiyon kabul edildi. Chlamydia pneumoniae IgM ve IgG antikorlarının tespiti için IFA (Orgenium, Finlandiya) testi uygulandı. IgG ve IgM titrelerinde iki serum örneği arasında dört kat ya da daha fazla artış olması ya da tek serum örneğinde IgG antikor titresinin 31:512 olması akut enfeksiyon kabul edildi. Solunum yolu viruslarına [Adenovirüs, Coxackie B5-virüs, Epstein-Barr virüs (EBV), Enterovirüs, Herpes simpleks virüs1 (HSV-1), İnfluenza A virüs, İnfluenza B virüs, Parainfluenza 1 virüs, Parainfluenza 2 virüs, Parainfluenza 3 virüs, Respiratuar sinsityal virüs (RSV)] karşı oluşan IgM antikorlarını saptamak için enzim immun assay (EIA) testi (Respiscreen Diagnopack, Finlandiya) yapıldı. Tablo 1’de belirtilen oranlara göre pozitif infeksiyon olarak kabul edildi. Alınan idrar örneklerinde Legionella pneumophila serogrup I antijenin saptanması için Legionella üriner Antijen EIA (Binax, ABD) testi uygulandı. İstatistiksel Analiz Veriler SPSS 8.0 programına girilerek istatistiksel analiz yapıldı. Tüm değerler için aritmetik ortalama ve standart sapma (X±SD) hesaplandı. Sayısal değişkenlerin gruplar arası farkının analizinde X2 (ki kare) testi kullanıldı. Sonuçlarda p<0.05 olanlar anlamlı kabul edildi. Mortal olgu sayısı az olduğu için ileri istatistiksel analiz yapılamadı. BulGulAr Çalışmaya alınan 96 olgunun 24’ü, balgam/indükte balgam, serum ya da idrar örneklerinden en az birinin elde edilememesi nedeniyle istatistik analizi dışında tutuldu. Standart tanısal panel için gereken bütün materyallerinin alınabildiği 72 olgunun sonuçları analiz edildi. Genel Özellikler Yaş ortalaması 58 (19-96) olan olguların 45’i (%62.5) erkekti. Kadınların %18.7’si ve erkeklerin %34.4’ü 60-80 yaş arasındaydı. Yirmi dokuz (%40.3) olgu sigara içmemiş, 21 (%29.2) olgu halen içmekte ve 22 (%30.6) olgu içip bırakmıştı. Olguların %72.2’si acil servise başvurmuştu. %86.1 olguda komorbid hastalık vardı. KOAH ve KAH en sık komorbid hastalıktı. Özellikle KOAH erkeklerde daha yüksek oranda saptandı (p=0.01). Klinik Bulgular Olguların %13.9 Grup 1, %23.6 Grup 2, %5.6 Grup 3a, %47.2 Grup 3b, %1.4 Grup 4a ve %1.4 Grup 4b idi. Beş olguda (%6.9) laboratuar verilerindeki yetersizlik nedeniyle grup belirlenemedi. Tanı kriteri olmasından dolayı ateş tüm olgularda vardı. Öksürük, balgam ve halsizlik en sık saptanan üç yakınma idi. Semptomlar ortalama 6.67 (1-30) gündür vardı. Solunum sistem muayenesinde %94.4 patolojik bulgu saptandı. Ral, ronküs, tubersufl ve matite en sık saptanan oskültasyon bulguları idi (Tablo 2). Tablo 1. Test edilen viral ajanların IgM EIU değerleri

Recovery period of the bladder after exposure to soluble virulence factor produced by Escherichia coli

Objectives: This study was designed to determine the time interval required for the recovery of the bladder after exposure to soluble virulence factor (SVF) in an animal model. In addition, we aimed to determine the changes in the epithelium during the recovery period. Methods: A total of 46 male New Zealand rabbits were used in this study. Sterile human urine was infected with Escherichia coli type O6 to obtain supernatant, which would contain SVF, but no bacteria. Rabbits were assigned to one of three groups comprising the supernatant urine group (SUG) and controls, respectively. Sterile human urine and supernatant urine were instilled to controls and SUG, respectively. Bacterial inoculation with E. coli was performed 1, 24 and 72 h after initial instillation. Histopathologic and microbiologic analyses were performed on these animals. Results: In SUG bacterial colonization was significantly higher than in controls 1 and 24 h after exposure to supernatant. Histopathologic analysis confirmed this finding. Histologic changes were most pronounced 1 hour after instillation of supernatant. A moderate degree of recovery was noted at 24 h, and complete recovery was seen at 72 h. Conclusion: Bacterial growth is potentiated by SVF–induced impaired bladder mucosa until the repairing process has been completed. During this time interval, SVF enables the colonization and growth of E. coli and other bacterium species that may result in sustained bacterial presence and recurrent infection.