解密基因测序:NGS技术如何在一次运行中产生数十亿条序列?

在基因组学的快速发展中,次世代测序(NGS)技术成为了一个极其重要的工具。自2005年商业化以来,NGS已经改变了科学界对基因组的研究方式。这种技术的关键在于其能够在一次运行中生成数十亿条DNA序列,从而大幅度提高了基因测序的效率和成本效益。

大型平行测序或称为次世代测序(NGS),是指多种高通量DNA测序技术,它利用大规模平行处理的概念进行DNA序列的分析。

NGS技术的运行流程主要分为几个步骤:首先,不同来源的DNA片段通过PCR方法制作成测序文库;接着,通过合成的方法进行序列测定,这与传统的链终止法有着根本的区别。 NGS系统中,DBA模板会在流动槽中被空间分隔并同时进行平行测序,这样的架构能够实现数百至数千兆碱基的序列在一次运行中生成。

这项技术不仅显著降低了每个基因组的测序成本,还改变了生物医学科学中的基因组测序方法。

随着下一代测序技术的快速发展,市场上出现了多种不同的平台,每种平台都有其独特的技术规格和应用。考虑到NGS平台的快速变化,这些技术的运行时间和每次运行的产出也在不断调整。

在模板准备方面,NGS可通过两种方法进行:其一是放大的单一DNA分子的模板,二是单一DNA分子模板的直接使用。其中,胶乳PCR(emPCR)法和滚环扩增法是最常见的模板扩增方法。

在胶乳PCR法中,DNA文库首先通过随机分割基因组DNA生成单链DNA片段,随后这些片段被附着在具有适配器或连接器的微珠上,从而实现扩增。

随着技术的进步,许多NGS平台开始使用网格化的滚环扩增技术,该技术通过将单一DNA分子的扩增实现并捕获于比DNA更小的网格点上。这种技术不仅安全,还进一步提高了测序准确性。

在测序方法上,NGS系统一般采用合成序列法、焦光序列法和可逆终止化学法等方法,这些方法各具特点。一些方法,如合成法,通过检测DNA聚合酶在DNA合成过程中的核苷酸加入,来获取序列资讯。

这项技术允许在同一时间内追踪大量样本的序列,显著增加我们获取的数据量。

对于那些追求更高准确性的研究者,太平洋生物科学公司(Pacific Biosciences)提出的实时测序技术无疑是值得关注的创新。这种技术通过影像学观察在DNA合成过程中染料标记的核苷酸的持续加入,能够达到极高的准确率。

NGS技术的核心推动力在于它的可扩展性与高通量的特性,这使得考古学、医学诊断及其他生物科学领域的应用场景愈加广泛。然而,随着技术的不断发展,这项技术是否真的能够实现无限的测序可能性?

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