在遗传密码的翻译过程中,终止密码起着至关重要的作用。这些“停止信号”确保了蛋白质合成的正确结束,而这一过程主要依赖于释放因子(release factors,RFs)的介入。在细胞翻译过程中,这些因子如何控制翻译的终止,尤其是RF1和RF2这两种蛋白,无疑引人关注。
被称为释放因子的蛋白质,能够识别mRNA序列中的终止密码,并促使新合成的多肽从核糖体中释放出来。
翻译过程中,绝大多数的密码子都由“充电”的tRNA分子来识别。这些被称为氨基酸-tRNA的分子,携带着对应于每个tRNA反密码子的特定氨基酸。根据标准的遗传密码,有三个mRNA停止密码:UAG(“琥珀”)、UAA(“绰绰”)、UGA(“猫眼”或“啤酒”的另一种称呼)。这些停子并不会被tRNA解码,而是由释放因子来识别。
1967年,科学家马里奥·卡佩基(Mario Capecchi)发现,释放因子并不是tRNA分子,而是一种蛋白质。进一步研究发现,不同的释放因子能够识别不同的终止密码。
释放因子可分为两类。第一类释放因子(Class 1 release factors)负责识别终止密码,并以类似tRNA的方式与核糖体A位点结合,在拆解核糖体的同时释放新形成的多肽。第二类释放因子(Class 2 release factors)则是GTP酶,它们增强了第一类释放因子的活性,帮助其从核糖体中解离。
细菌中的释放因子包括RF1、RF2和RF3(或PrfA、PrfB、PrfC),其中RF1识别UAA和UAG,而RF2识别UAA和UGA。
经过结晶学的研究,科学家揭示了释放因子与细菌70S核糖体的相互作用模式,展示了RF1和RF2在终止密码识别中的详细机制。此外,亦取得了小鼠80S核糖体与eRF1和eRF3的冷冻电子显微镜结构,展现了因子引起的结构重排,进一步透视这一过程。
当RF1或RF2与核糖体的A位点结合时,释放因子会激活,并促使其发生结构上的改变,最终导致多肽的释放。
在细菌中,第一类释放因子可分为四个域,其中有关催化的重要域包括“氨基酸反密码子”基序以及GGQ基序。这些基序在负责水解多肽-tRNA酯键的过程中起着关键作用。 RF3在这一过程中同样不可或缺,因为它牵涉到释放RF1/2使得核糖体重用的过程。
真核生物的释放因子结构也分为四个域,其N端域专门负责终止密码的识别。释放因子在与GTP结合后,会随着GTP的水解产生运动,这使得GGQ能够进入核糖体的酰基转移中心以进行水解同时完成翻译的终止。
值得注意的是,在这一过程中,古细菌的释放因子系统也示范了与真核系统类似的机制,进一步强调了这些因子在生命过程中扮演的不可替代角色。
目前,科学界对于释放因子的功能与结构仍然充满着探索的热情,它们无疑扮演了翻译过程中的关键角色,但在未来的研究中,是否还会发现新的释放因子或作用机制呢?