أظهرت ملاحظات البقعة المظلمة العظيمة أن شكلها بيضاوي وأن حجمها الأولي قد يصل إلى 13000×6600 كيلومتر، وهو ما يقارن بحجم الأرض. هذا الشكل الفريد ونمط تدفق الهواء يجعلان البقعة المظلمة العظيمة موجودة في شكل مضاد للإعصار، ولكن داخلها الخالي من السحب نسبيًا يختلف عن البقعة الحمراء للمشتري.
يُعتقد أن كتلة نبتون المظلمة عبارة عن ثقب في سحب الميثان، ويمكن أن تصل سرعة هذه الرياح المدارية إلى 2100 كيلومتر في الساعة، وهي أسرع رياح مسجلة في النظام الشمسي.
لاحظ العلماء حول البقعة المظلمة العظيمة سحبًا بيضاء تشبه سحب السحب العالية الموجودة على سطح الأرض، إلا أن هذه السحب تتكون من بلورات الميثان الجليدية. تتشكل هذه السحب وتتبدد على مدى عدة ساعات، ولكنها تستمر في البقعة المظلمة العظيمة لمدة 36 ساعة، أي أكثر من دورتين.
قد تتبدد البقع بسبب الهجرة نحو خط الاستواء أو بسبب آليات أخرى غير معروفة. وبناء على الملاحظات الموجودة، يبدو أن هذه البقع الداكنة بدأت تظهر خصائص سريعة الزوال بشكل مدهش.
ومع استمرار العلماء في رصد نبتون، اكتشفوا عدة بقع داكنة أخرى. على سبيل المثال، البقعة المظلمة الشمالية، التي رصدها لأول مرة تلسكوب هابل الفضائي في عام 1994، مستقرة بشكل ملحوظ وتهاجر ببطء. ثم في عامي 2015 و2016، تم اكتشاف بقعتين داكنتين حديثتي التكوين، ولكل منهما خصائصها الخاصة، ولكن كلاهما بدت وكأنها تظهر علامات زيادة نشاط السحب العالية.
وفقا لعدة دراسات سابقة بارزة، فإن ظهور هذه البقع الداكنة غالبا ما يصاحب ارتفاعات في نشاط السحب ويمكن أن يكون نذيراً لتغير مناخي أوسع نطاقا.
في مواجهة لغز نبتون، اقترح المجتمع العلمي عدة مفاهيم لبعثات الاستكشاف. وتشمل هذه البعثات بعثة ترايدنت المقترحة لعام 2021، والتي تهدف إلى استكشاف نبتون وقمره تريتون، على أمل الحصول على رؤى حول مناخ نبتون وتشكيل البقع الداكنة.
وعلى الرغم من أن المهمة الحالية تواجه منافسة، فإن خطة الاستكشاف هذه ستوفر بلا شك فرصا مهمة لحل لغز البقع الداكنة على سطح نبتون. كيف تشكلت هذه البقع الداكنة الغامضة ولماذا تختفي بهذه السرعة؟ وتستمر هذه الأسئلة في حيرة العلماء وتحفيز خيال لا نهاية له حول الاستكشاف المستقبلي للكون.مع تعمق أبحاث نبتون، أصبحت الظاهرة الغريبة للبقع الداكنة أكثر إثارة للاهتمام. كيف يمكننا أن نفهم الديناميكيات والقوانين الفيزيائية وراء هذه الظواهر الفلكية العابرة ولكن الرائعة؟