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Comment assurer la précision des MNG pendant le processus d'échantillonnage? Connaissez-vous ces conseils?
Avec le développement rapide de la technologie, le séquençage de nouvelle génération du métagénome clinique (MNG) est devenu un outil puissant pour diagnostiquer les maladies infectieuses. Cette technique permet une analyse complète du matériel génétique des micro-organismes et des hôtes des échantillons cliniques sans connaître un agent pathogène spécifique. Cependant, comment garantir la précision de cette technologie pendant le processus d'échantillonnage reste un défi important.
Les méthodes traditionnelles de détection des agents pathogènes sont souvent perturbées par le traitement des échantillons et le bruit de fond, et les MNG peuvent détecter plusieurs agents pathogènes en même temps, ce qui est son plus grand avantage.
Exécution correcte de l'échantillonnage
La précision des MNG dépend d'abord de la collection d'échantillons corrects. De manière générale, le sang, le liquide céphalo-rachidien, l'urine et les écouvillons nasopharyngés sont les échantillons les plus couramment utilisés. Ces échantillons doivent être prélevés avec prudence, en particulier lors de la réalisation de procédures traumatisantes telles que la ponction lombaire, la contamination croisée doit être évitée. La propreté de l'échantillon affecte directement la précision du séquençage ultérieur, de sorte que l'échantillonnage doit être effectué dans un environnement stérile.
Précaution dans l'extraction d'acide nucléique
Pendant le processus d'extraction, il est également crucial de choisir le bon kit d'extraction. Par exemple, la sélection d'une méthode d'extraction d'ARN ou d'ADN spécifique pour des échantillons avec un bruit environnemental élevé peut améliorer la spécificité et la commodité de la détection des agents pathogènes. Le processus d'extraction nécessite de s'assurer que l'ARN / l'ADN pathogène dans l'échantillon peut être extrait efficacement et que l'impact du bruit de fond doit être minimisé.
L'utilisation de méthodes d'enrichissement ciblées, telles que la sélection négative ou l'enrichissement positif, peut améliorer le taux de détection des signaux pathogènes dans l'échantillon.
Sélection de la technologie de séquençage à haut débit
Pendant la phase de séquençage, le choix de la bonne plate-forme de séquençage est également crucial pour la précision des résultats. Généralement, le système Illumina Miseq est la plate-forme préférée pour une large étendue de recherche sur les maladies infectieuses, et elle fonctionne rapidement et a un fort soutien communautaire. Avec l'amélioration de la technologie, d'autres plateformes telles que Minion deviennent progressivement des options potentielles, en particulier pour les petits laboratoires avec des ressources limitées.
L'importance de l'analyse bioinformatique
L'analyse des données de séquençage nécessite également des connaissances professionnelles bioinformatiques, qui comprend le nettoyage des données, le cisaillement et la déduplication pour améliorer la précision des résultats. La suppression des lectures du génome de l'hôte pour réduire le bruit de fond est une étape critique dans ce processus. De plus, les résultats de l'analyse doivent être comparés à la base de données publique pour identifier la portée organisationnelle, ce qui garantit la fiabilité des résultats ultérieurs.
Stratégies pour relever les défis
À l'heure actuelle, la mise en œuvre des MNG est confrontée à de nombreux défis cliniques, tels que la pratique clinique, l'efficacité du laboratoire et le coût. Par conséquent, l'amélioration continue de ces processus et technologies est un élément important pour assurer la précision de la détection des MNG. La surveillance ciblée et l'établissement de normes de référence peuvent promouvoir leur application efficace dans la communauté médicale.
La combinaison des tests microbiens traditionnels et de la technologie des MNG peut améliorer la sensibilité et la précision du diagnostic, en particulier lors de la surveillance des infections complexes.
Réflexion de la prévoyance
Le développement futur des MNG dépend non seulement des progrès technologiques, mais nécessite également une acceptation approfondie et une vérification clinique de la communauté médicale. À mesure que sa portée d'application se développe, plus de cas démontrent leur valeur dans le diagnostic des maladies infectieuses. Sommes-nous prêts pour les changements révolutionnaires provoqués par cette technologie?
