Dans le monde médical d'aujourd'hui, il existe différentes manières de diagnostiquer les maladies infectieuses, parmi lesquelles le test traditionnel de réaction en chaîne par polymérase (PCR) a toujours été un outil important sur lequel les médecins et les laboratoires s'appuient. Cependant, avec les progrès de la technologie, l’émergence de la génomique métabolique clinique (mNGS) a progressivement montré ses avantages par rapport à la PCR traditionnelle, en particulier lorsque les tests PCR ne peuvent pas fournir de résultats clairs dans certains cas.
mNGS est une technologie avancée de séquençage génétique qui permet une analyse complète du matériel génétique microbien et hôte à partir d'échantillons cliniques sans avoir besoin de connaissances préalables sur des agents pathogènes spécifiques. Les tests PCR traditionnels reposent souvent sur l’identification préalable d’un agent pathogène spécifique, ce qui rend le diagnostic difficile dans les cas où l’agent pathogène est inconnu.
Comparé à la PCR, le mNGS utilise une méthode d’analyse impartiale et peut identifier tous les agents pathogènes potentiels en séquençant tous les génomes de l’échantillon. Cette caractéristique rend le mNGS particulièrement important dans le traitement des infections dont la cause est incertaine, en particulier après que le patient a subi plusieurs tests PCR négatifs.La sensibilité et la spécificité des tests PCR traditionnels sont affectées par de nombreux facteurs, notamment la concentration de l’agent pathogène, la qualité de l’échantillon et la présence d’inhibiteurs.
Avec le mNGS, les médecins peuvent obtenir des informations complètes sur la cause d’une infection en un seul test. Il peut non seulement identifier rapidement les virus, les bactéries, les champignons et les parasites, mais également détecter plusieurs infections simultanément. Des études ont montré que le mNGS est plus efficace que les méthodes traditionnelles pour diagnostiquer des maladies telles que la méningite, la myélite et la pneumonie sévère.
Les tests mNGS d'échantillons de LCR peuvent révéler des agents pathogènes qui ne sont pas détectés par les tests traditionnels, ce qui est essentiel pour sélectionner les options de traitement.
Bien que la technologie de détection PCR ait fait de grands progrès, elle a encore ses limites. Premièrement, les tests PCR nécessitent des amorces spécifiques et, si le pathogène n’a pas été identifié auparavant, la PCR peut ne pas le détecter. De plus, le bruit de fond, la qualité de l’échantillon et un fonctionnement incorrect peuvent conduire à des résultats faussement négatifs. Cela est particulièrement évident dans deux situations : lorsque la valeur Ct du pathogène est élevée et dans les cas douteux.
Le processus mNGS comprend l’acquisition d’échantillons, l’extraction d’ARN/ADN, le séquençage à haut débit et l’analyse bioinformatique. Chaque étape de cette série de processus requiert précision et propreté pour éviter toute contamination. En particulier lors des étapes d’extraction d’échantillons et de préparation de la bibliothèque, il est souvent nécessaire de se concentrer sur l’élimination du bruit de fond pour améliorer la précision de détection des signaux pathogènes.
La technologie de séquençage à haut débit permet à un seul test de générer une grande quantité de données, ce qui garantit l’analyse et l’interprétation ultérieures des données.
Alors que le problème de la résistance aux antibiotiques devient de plus en plus grave, l’utilisation de la technologie mNGS pour détecter les variations génétiques dans la résistance microbienne est devenue une orientation de recherche importante. Le mNGS peut révéler la diversité des gènes résistants aux médicaments et aider à découvrir de nouveaux mécanismes de résistance aux médicaments.
En outre, le mNGS a également montré un grand potentiel dans la surveillance des épidémies, en particulier dans les premiers stades de la réponse épidémique, sa capacité à identifier en premier lieu les agents pathogènes potentiels en fait un outil de pointe pour la surveillance de la santé publique.
Bien que le mNGS devienne progressivement une nouvelle norme diagnostique, sa pénétration clinique est encore insuffisante et fait face à des défis tels que le coût, la validation en laboratoire et l'analyse des données. À l’avenir, davantage d’études cliniques seront nécessaires pour vérifier son application spécifique. Dans le même temps, avec l’amélioration continue de la technologie et l’établissement de normes pertinentes, le mNGS devrait devenir un outil courant pour le diagnostic clinique.
Dans ce processus, nous devons également réfléchir à la question de savoir si les outils de diagnostic traditionnels peuvent continuer à relever les défis posés par les nouveaux agents pathogènes qui pourraient émerger à l’avenir, ou si de nouvelles technologies telles que le mNGS devraient être plus largement adoptées pour révéler la vérité ?