미생물의 비밀을 밝히다: mNGS는 임상에서 숨겨진 병원균을 어떻게 식별하는가?

과학과 기술의 발전으로 임상 미생물학은 새로운 변화의 시대를 열고 있습니다. 그 중 임상대사유전체학(mNGS)은 고급 유전자 시퀀싱 기술을 사용하여 환자의 임상 샘플에서 미생물과 숙주의 유전물질(DNA 또는 RNA)을 종합적으로 분석합니다. 이 기술은 병원균을 탐지하는 능력을 향상시킬 뿐만 아니라, 특히 기존 탐지 방법이 실패할 때 그 잠재력을 보여줍니다.

mNGS는 특정 병원균에 대한 사전 지식 없이 임상 표본에서 직접 박테리아, 진균, 기생충 및 바이러스의 유전체를 식별하고 특성화할 수 있습니다.

기존 병원균 탐지 방법은 알려진 병원균에 대한 사전 설정된 가정에 의해 제한되는 경우가 많으며, 어떤 경우에는 원인을 파악하는 것이 불가능합니다. mNGS의 등장으로 모든 것이 바뀌었습니다. 이 기술의 핵심은 검체에서 모든 잠재적 병원균을 검출할 수 있다는 것입니다. 이는 감염성 질환을 진단하는 데 중요한데, 특히 PCR 등의 다른 보다 구체적인 검사가 실패했을 때 더욱 그렇습니다.

mNGS 워크플로

일반적인 mNGS 워크플로는 다음 단계로 구성됩니다.

<저>
  • 검체 채취: 혈액, 대변, 뇌척수액, 소변 또는 비인두 면봉 등이 포함됩니다.
  • RNA/DNA 추출: 전용 추출 키트를 사용하여 샘플에서 유전 물질을 추출합니다.
  • 라이브러리 준비 및 최적화 전략: 주로 대상 선택과 배경 소음 제거가 포함됩니다.
  • 고처리량 시퀀싱: 핵산 단편을 시퀀싱하기 위해 적합한 시퀀싱 플랫폼을 선택하세요.
  • 생물정보학 분석: 시퀀싱 데이터를 처리하고 해석합니다.
  • 생물정보학 분석에는 전문적인 지식과 컴퓨팅 리소스가 필요하며, 심층적인 데이터 분석은 임상 진단에 필요한 지원을 제공합니다.

    이 과정의 각 단계는 매우 중요하며 최종 테스트 결과에 큰 영향을 미칩니다. 특히, Illumina MiSeq 시스템과 같은 고성능 시퀀싱 기술은 감염성 질환을 진단하는 주요 도구 중 하나가 되었습니다. 이 기술의 지원을 통해 과학자들은 잠재적인 병원균을 빠르고 정확하게 식별할 수 있습니다.

    감염성 질환에 mNGS의 적용

    mNGS는 특히 병인이 알려지지 않은 경우 감염성 질환 진단에 큰 잠재력을 보여줍니다.

    <저>
  • 뇌막염과 뇌염 진단: 이 기술은 기존 검사로 진단을 확인할 수 없을 때 다양한 병원성 미생물을 식별할 수 있습니다.
  • 항생제 내성 연구: mNGS를 사용하면 병원균의 약물 내성 유전자를 신속하게 검출하여 보다 적절한 치료 계획을 개발하는 데 도움이 됩니다.
  • 전염병 대응: 신종 감염병의 예방 및 통제에 있어 mNGS는 적절한 시기에 병원체를 식별하고 공중 보건 의사 결정을 지원할 수 있습니다.
  • mNGS는 단일 검사로 여러 병원체를 식별할 수 있어 잠재적으로 질병을 일으킬 수 있는 미생물에 대한 포괄적인 식별 프레임워크를 제공합니다.

    예를 들어, 폐렴 환자의 경우 mNGS는 병원성 박테리아의 존재를 빠르게 식별할 수 있으며, 이는 효과적인 치료 계획을 개발하는 데 중요합니다. 기존 방법에 비해 mNGS는 탐지 범위가 더 넓고 다양한 박테리아, 바이러스 또는 진균이 혼합된 감염도 보여줄 수 있습니다.

    도전

    mNGS는 임상 응용 분야에서 큰 잠재력을 보여주지만, 다음과 같은 많은 과제에도 직면합니다.

    <저>
  • 임상적 실용성: 현재 대부분의 mNGS 데이터는 사례 보고를 통해 나왔으며, 실제로 임상에서 구현되는 사례는 아직 거의 없습니다.
  • 실험실 검증: 많은 검사가 검증되지 않았으며, 이는 임상 환경에서 mNGS의 신뢰성에 영향을 미칩니다.
  • 정확도 및 민감도: 높은 노이즈 배경은 특히 혼합 감염의 경우 검사의 정확도에 영향을 미칠 수 있습니다.
  • 비용 고려 사항: 현재 mNGS의 비용은 여전히 ​​비교적 높아서 광범위한 임상 적용이 제한됩니다.
  • 기술의 발달에 따라 이러한 과제를 극복하고 미래에 mNGS가 임상 실무에 더 잘 봉사할 수 있도록 하는 방법은 과학자와 의료 종사자가 협력해야 할 방향이 될 것입니다.

    mNGS 개발을 돌이켜보면, 이 기술은 우리에게 미생물 세계의 신비를 밝혀주었지만 일상적인 임상 적용 분야에서는 아직 확인되고 이해되지 않은 잠재적인 병원균이 많이 있을까요?

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