Luiz Henrique de Aquino

Curva de crescimento de novilhos Hereford: heterocedasticidade e resíduos autorregressivos

The aim of the present study was to fit the weight-age of 152 Hereford cattle male. The fitting has been done by the ordinary least square (OLS), weighted least square (WLS), generalized weighted least square with autoregressive errors, first (GWLS-AR1) and second (GWLS-AR2) orders. The WEIGHT and %AR options of MODEL procedure, available in the software Statistical Analysis System (SAS), was used to fit the data. Models were evaluated by the following measures of quality: convergence percentage, error mean square, adjusted determination coefficient and mean predicted error. The Gompertz and von Bertalanffy models fitted by WLS, GWLS-AR1 and GWLS-AR2 methods were indicated to describe the growth of animals up to two years old.

Curvas de crescimento e influência de fatores não-genéticos sobre as taxas de crescimento de bovinos da raça Nelore

Non-genetic effects were evaluated on growth rate of Nelore cattle from birth to 205 days (TX1), 205 to 365 days (TX2), and 365 to 550 days (TX3) of age. The data came from nine bimonthly weight-age records, from birth to two years of age, of 1.138 animals, 508 males and 630 females, collected between 1978 and 1993. Brody, Gompertz, Richards, Bertalanffy and Logistic nonlinear models were fitted for each animal, generating weight estimates at different ages. Gompertz model showed the best fitting and was chosen for growth rates computations. Effects (P<0,01) of sex on TX2 and TX3, year of birth on all growth rates, and season of birth on TX2 and TX3 (P<0,01), were observed. The optimization of management techniques in specialized herds is possible with the informations of the non-genetic factors that influence growth rates at distinct ages.Avaliou-se a influencia de efeitos nao-geneticos sobre as taxas de crescimento de bovinos da raca Nelore nas seguintes fases: do nascimento a desmama, 205 dias, (TX1); da desmama a um ano, 365 dias, (TX2); e de um ano ao sobreano, 550 dias, (TX3). Os dados constam de nove pesagens bimestrais do nascimento aos dois anos de idade, observadas entre 1978 e 1993, em 1.138 animais da raca Nelore, sendo 508 machos e 630 femeas. Os modelos nao-lineares de Brody, Gompertz, Richards, Bertalanffy e Logistico foram ajustados aos dados de peso-idade de cada animal, para a obtencao de pesos em idades de interesse. O modelo de Gompertz foi o que melhor se ajustou aos dados e, a partir dele, foram calculadas as taxas de crescimento. Foram observadas influencias (P<0,01) de sexo sobre TX2 e TX3, de ano sobre todas as taxas e de epoca de nascimento sobre TX2 e TX3. Com a identificacao dos fatores nao-geneticos que influenciam a eficiencia do crescimento dos animais em diferentes fases de sua vida, torna-se possivel otimizar as tecnicas de manejo empregadas em rebanhos especializados.

Abordagem Bayesiana da curva de lactação de cabras Saanen de primeira e segunda ordem de parto

The objective of this work was to use the Bayesian method in the fitting of the Wood´s model for milk production of Saanen goats. Two groups of animals from first and second lactation were considered in the analysis. The posterior marginal distributions for each parameter and production functions, peak milk yield, time of peak yield, persistency and total milk production, were obtained via Gibbs Sampler algorithm. The inference was done for each population. The results showed differences in the slope of the curve after the peak and in persistency, indicating highest production for the second lactation. The data were simulated for evaluating Bayesian method under several covariance matrices structures. The simulation results indicate the efficiency of this method for lactation curves studies when the covariance matrices show high correlation for parameters.

Bayesian analysis of autoregressive panel data model: application in genetic evaluation of beef cattle

The animal breeding values forecasting at futures times is a relevant technological innovation in the field of Animal Science, since its enables a previous indication of animals that will be either kept by the producer for breeding purposes or discarded. This study discusses an MCMC Bayesian methodology applied to panel data in a time series context. We consider Bayesian analysis of an autoregressive, AR(p), panel data model of order p, using an exact likelihood function, comparative analysis of prior distributions and predictive distributions of future observations. The methodology was tested by a simulation study using three priors: hierarchical Multivariate Normal-Inverse Gamma (model 1), independent Multivariate Students t Inverse Gamma (model 2) and Jeffreys (model 3). Comparisons by Pseudo-Bayes Factor favored model 2. The proposed methodology was applied to longitudinal data relative to Expected Progeny Difference (EPD) of beef cattle sires. The forecast efficiency was around 80%. Regarding the mean width of the EPD interval estimation (95%) in a future time, a great advantage was observed for the proposed Bayesian methodology over usual asymptotic frequentist method.

Análise Bayesiana da curva de crescimento de cordeiros da raça Santa Inês

The logistic growth function was fitted to Santa Ines lamb through the Bayesian methodology. The absolute growth rates were taken in each time interval. The methodology was efficient, generating expressive values for parameters estimates and allowed the interval estimation for absolute growth rates.

Ajuste de modelos de platô de resposta para a exigência de zinco em frangos de corte

Com este trabalho, objetivou-se estudar a tecnica plato de resposta utilizando modelos de regressao segmentada para avaliar sua aplicacao no estudo da exigencia de Zn em frango de corte. Foram utilizados os dados de uma pesquisa com frangos de corte envolvendo um experimento fatorial 2 x 2 x 9, dois experimentos, dois sexos e nove doses de zinco na racao, considerando 8 repeticoes. As doses de Zn estudados foram: 0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 ppm . A variavel avaliada foi o teor de Zn na tibia em ppm. Foram utilizadas rotinas no procedimento nao-linear (PROC NLIN do SAS®) para estimacao dos parâmetros, utilizando-se as medias da variavel resposta nas diversas doses. Dois modelos nao-lineares (MNLE1 e MNLE2) e o Modelo Polinomial Quadratico (MPQ), ambos com plato, foram comparados. Os tres modelos foram estatisticamente equivalentes, contudo o modelo MNLE1 mostrou-se mais adequado devido a sua maior facilidade de interpretacao dos parâmetros.

Estimativas de variância genética aditiva em populações selecionadas e não-selecionadas via simulação Monte Carlo utilizando o software R

Para disponibilizar um sistema de fornecimento de dados que objetivando-se subsidiar pesquisas de Melhoramento Genetico Animal direcionadas a comparacao de metodologias de avaliacao genetica, foi avaliado o comportamento da variância genetica aditiva de populacoes selecionadas e nao selecionadas, por seis geracoes sucessivas, via simulacao Monte Carlo. Por meio de um modelo genetico aditivo, foram simuladas populacoes de 40 animais (20 machos e 20 femeas), sob selecao e acasalamento aleatorio. Da geracao zero ate a quinta geracao notou-se na populacao selecionada uma reducao de 44,4% na variância genetica aditiva, devido a um aumento de 11,58% no coeficiente de endogamia. Na populacao nao selecionada a reducao da variância genetica aditiva foi menor (27,46%) em relacao a populacao selecionada, tambem devido a aumento de 10,26% no coeficiente de endogamia.

Inferência Bayesiana na análise genética de populações diplóides: estimação do coeficiente de endogamia e da taxa de fecundação cruzada

The Bayesian methodology was used to estimate the inbreeding coefficient and outcrossing rate in diploid populations by COCKERHAM random model to allelic frequency. The proposed methodology was evaluated by data simulation. The Gibbs Sampler algorithm was implemented in the R statistical software to obtain the random samples of the inbreeding coefficient and outcrossing rate posteriors marginal distributions. The Bayesian method showed good results, because the 95% credible intervals contained the true parameter values to all of the selected scenes. The Gibbs Sampler convergence was checked and this validated the estimation results.

Abordagem bayesiana da sensitividade de modelos para o coeficiente de endogamia

The aim of this research is to perform a Bayesian characterization of the Hardy-Weinberg disequilibrium through the Bayes factor. The methodology is tested by using both simulation study and actual data. It was used the following priors for the Bayesian models: Dirichlet (model 1), beta - step uniform function (model 2), uniform - step uniform function (model 3) and independent uniforms for the inbreeding coefficients and allele frequencies (model 4). Metropolis-Hasting algorithms were implemented using the software R to simulate multiple draws from the posterior distribution. Convergence of the Metropolis-Hasting algorithms was assessed by many methods available at R package BOA. Results showed that the model 1 presents the best performance for both simulation study and actual data. The results also showed that the Bayesian approach provides models that are useful for the analysis of the Hardy-Weinberg disequilibrium and inbreeding coefficient.

Degradability study of neutral detergent fiber of coast cross (Cynodon dactylon x Cynodon nlemfunensis)

Objetivou-se com este trabalho ajustar o modelo de degradacao proposto por Orskov & McDonald (1979) aos dados de um experimento de degradabilidade in situ. Foi avaliada a degradacao da fibra em detergente neutro (FDN) da graminea Coast Cross (Cynodon dactylon x Cynodon nlemfunensis) submetida a doze idades de corte (30, 60, 90, 120, 150, 180, 210, 240, 270, 300, 330 e 360 dias) em um delineamento em blocos casualizados. Em cada idade de corte a degradacao da FDN foi avaliada em nove tempos de incubacao (0, 3, 6, 12, 24, 48, 72, 96 e 120 horas) em um esquema de parcela subdividida, com as idades de corte na parcela e os tempos de incubacao na subparcela. Cada parcela foi constituida por uma vaca nao-lactante com fistula ruminal permanente. O ajuste do modelo foi avaliado atraves da interpretacao biologica dos parâmetros, coeficiente de determinacao, quadrado medio do residuo e teste de aderencia (lack of fit). As variâncias dos estimadores dos parâmetros tambem foram obtidas por meio da matriz de covariância dos parâmetros fornecendo expressoes para estimacao do intervalo de confianca dos parâmetros do modelo. O modelo se ajustou bem aos dados de degradabilidade da fibra em detergente neutro na maioria das idades de corte. As idades de corte da graminea Coast Cross influenciaram a degradabilidade das diferentes fracoes, favorecendo os cortes mais precoces. Nas idades de corte avancadas as estimativas dos parâmetros foram menos precisas.