William Otero

Improved allele-specific PCR assays for detection of clarithromycin and fluoroquinolone resistant of Helicobacter pylori in gastric biopsies: identification of N87I mutation in GyrA

Molecular testing can rapidly detect Helicobacter pylori susceptibility using gastric biopsies. Allele-specific polymerase chain reaction (ASP-PCR) was used to identify H. pylori 23S rRNA and gyrA mutation using gastric biopsies from Colombian patients and confirmed by PCR and sequencing of the 23S rRNA and gyrA genes. The sensitivity and specificity of ASP-PCR were compared with susceptibilities measured by agar dilution. Samples included gastric biopsies from 107 biopsies with H. pylori infections and 20 H. pylori negative. The sensitivity and specificity of ASP-PCR for the 23S rRNA gene were both 100%. The sensitivity and specificity of ASP-PCR for the gyrA gene, published in 2007 by Nishizawa et al., were 52% and 92.7%, respectively; the lower sensitivity was due to the presence of mutation N87I in our samples, which were not detected by the test. In this study, we designed new primers to detect the mutation N87I in GyrA. The ASP-PCR was performed with the original primers plus the new primers. The molecular test with the new primers improved the sensitivity to 100%. In conclusion, ASP-PCR provides a specific and rapid means of predicting resistance to clarithromycin and levofloxacin in gastric biopsies.

Phenotypic and Genotypic Analysis of Clarithromycin-Resistant Helicobacter pylori from Bogotá D.C., Colombia

Resistance of Helicobacter pylori to clarithromycin is the most common cause of treatment failure in patients with H. pylori infections. This study describes the MICs and the presence of 23S rRNA mutations of H. pylori isolates from Bogotá, D.C., Colombia. H. pylori were isolated from gastric biopsies from patients with functional dyspepsia. Clarithromycin susceptibility was investigated by agar dilution and strains were considered resistant if the MIC was ≥1 μg/ml. DNA sequences of the 23S rRNA gene of strains resistant and sensitive to clarithromycin were determined to identify specific point mutations. Clarithromycin resistance was present in 13.6% of patients by agar dilution. The A2143G, A2142G and A2142C mutations were found in 90.5, 7.1, and 2.4% of H. pylori strains with resistance genotype.The resistant phenotype was associated with 23S rRNA resistance genotype in 85.7% of isolates. The point mutations in 23S rRNA were well correlated with MICs values for clarithromycin.

Surveillance of Levofloxacin Resistance in Helicobacter pylori Isolates in Bogotá-Colombia (2009-2014).

Increased resistance of Helicobacter pylori to clarithromycin and metronidazole has resulted in recommendation to substitute fluoroquinolones for eradication therapy. The aims of the study were to determine the prevalence and changes in primary levofloxacin resistance related to H. pylori gyrA sequences. The study utilized H. pylori strains isolated from patients undergoing gastroscopy in Bogotá, Colombia from 2009 to 2014. Levofloxacin susceptibility was assessed by agar dilution. Mutations in gyrA sequences affecting the quinolone resistance-determining region (QRDR) were evaluated by direct sequencing. Overall, the mean prevalence of primary levofloxacin resistance was 18.2% (80 of 439 samples). Resistance increased from 11.8% (12/102) in 2009 to 27.3% (21/77) in 2014 (p = 0.001). gyrA mutations in levofloxacin resistant strains were present in QRDR positions 87 and 91. The most common mutation was N87I (43.8%, 35/80) followed by D91N (28.8%, 23/80) and N87K (11.3%, 9/80). Levofloxacin resistance increased markedly in Colombia during the six-year study period. Primary levofloxacin resistance was most often mediated by point mutations in gyrA, with N87I being the most common QRDR mutation related to levofloxacin resistance.

Impacto del sistema OLGA en la detección de gastritis crónica atrófica en Colombia: un estudio de casos y controles

Introduccion: la gastritis cronica atrofica (GCA) es una entidad clinicopatologica relacionada con cancer gas- trico (CG) de tipo intestinal. Su principal causa es Helicobacter pylori. Actualmente, ademas del diagnostico, se recomienda evaluar la extension de la atrofia o de la metaplasia intestinal, para estadificar el riesgo de CG. El metodo mas preciso para la atrofia es el OLGA, que exige 5 biopsias: 2 del cuerpo, 2 del antro y 1 de la in- cisura angularis, marcadas y enviadas en frascos separados. En Colombia, no se ha evaluado el rendimiento de OLGA en el estudio de la atrofia gastrica. Materiales y metodos: estudio de casos y controles. Los casos son pacientes en quienes se hizo el muestreo de biopsias para el OLGA. Los controles pacientes con menos de 5 biopsias gastricas, sin el muestreo del OLGA. Resultados: 1599 casos y 4191 controles. Edad promedio de los casos: 49±12 anos versus controles 54±10 anos (p: NS). H. pylori: 60% versus 57%. GCA en casos: 42% versus 26%. El 12,3% tenia OLGA III/IV y el 88%, OLGA 0, I o II, los cuales no ameritarian vigilancia endoscopica. Conclusion: el sistema OLGA permite detectar un 61,8% mas de atrofia que la detectada con un muestreo insuficiente de biopsias gastricas. La mayoria de los casos (88%) tuvo bajo riesgo de CG (estado 0-II) y no se justificaria vigilancia endoscopica.

Literature Review and Case Report of Post-Inflammatory Polyps and Inflammatory Bowel Disease

1 Internist and Gastroenterology Fellow at the National University of Colombia and the National University Hospital of Colombia in Bogotá, Colombia 2 Professor in the Gastroenterology Unit of the National University and the National University Hospital of Colombia and Gastroenterologist at Clínica Fundadores in Bogotá Colombia waoteror@gmail.com 3 Professor in the Gastroenterology Unit of the National University and the National University Hospital of Colombia and Gastroenterologist at El Tunal Hospital and Kennedy Hospital in Bogotá, Colombia

Pólipos postinflamatorios y enfermedad inflamatoria intestinal: Reporte de caso y revisión de la literatura

1 Internist and Gastroenterology Fellow at the National University of Colombia and the National University Hospital of Colombia in Bogotá, Colombia 2 Professor in the Gastroenterology Unit of the National University and the National University Hospital of Colombia and Gastroenterologist at Clínica Fundadores in Bogotá Colombia waoteror@gmail.com 3 Professor in the Gastroenterology Unit of the National University and the National University Hospital of Colombia and Gastroenterologist at El Tunal Hospital and Kennedy Hospital in Bogotá, Colombia

Fiebre, ictericia y hepatitis: no siempre es infección viral

La fiebre tifoidea es una infeccion sistemica causada por Salmonella enterica serotipo tiphy a traves de la ingesta de alimentos contaminados (fecal-oral). Es un problema de salud publica, especialmente en paises en vias de desarrollo, debido a su alta prevalencia, relacionada con deficiencias sanitarias. En pacientes con fiebre tifoidea, la hepatitis se presenta en 1% a 26% de los pacientes y se debe sospechar cuando coexisten ictericia, fiebre y hepatitis. No obstante ser dificil de distinguir de las hepatitis por virus hepatotropicos, la clave para el diagnostico es que, en estas infecciones virales, la fiebre desaparece cuando el paciente presenta ictericia. El diagnostico final de la entidad necesita el aislamiento de la Salmonella a traves de coprocultivos y hemocultivos, especialmente de la medula osea, que es el sitio con mayor rendimiento para el diagnostico.

Telangiectasia hemorrágica hereditaria: Reporte de caso

Hereditary hemorrhagic telangiectasia (HHT) (also known as Osler Weber Rendu syndrome (OWRS)) is a rare dominant autosomal disorder whose frequency is between 1 per 1,331 people and 1 per 16,300 people depending on the population and its geographical location. There are no differences between genders. It is clinically characterized by telangiectasia, recurrent epistaxis, visceral vascular lesions (arteriovenous malformations - AVMs). Usually a person with HHT has a family history of the disorder. This paper reports a case that is clinically compatible with this rare entity and which presented simultaneous complications of pulmonary and cerebral abscesses.

Helicobacter pylori y alteraciones endoscópicas en pacientes con obesidad severa, programados para cirugía bariátrica

En los pacientes con obesidad severa, la unica intervencion terapeutica eficaz es la cirugia bariatrica y la mas frecuentemente utilizada es el bypass gastrico con reconstruccion en “Y” de Roux (BPGYR). Helicobacter pylori es la causa de la mayoria de ulceras pepticas y de canceres gastricos. Muchos expertos recomiendan investigar y erradicar rutinariamente la infeccion antes del BPGYR. En nuestro medio no se ha investigado la prevalencia de H. pylori ni las alteraciones endoscopicas en pacientes programados para BPGYR, por lo cual se decidio realizar el presente trabajo. Materiales y metodos: se incluyeron pacientes adultos con obesidad severa, sin sintomas gastroduode- nales, programados para BPGYR y sometidos a endoscopia digestiva alta preoperatoria. Resultados: desde marzo de 2007 a julio de 2014, se incluyeron 83 pacientes. El 87,95% eran mujeres. La edad promedio fue de 46,9±11,4 anos (17-62 anos). Se encontro H. pylori en el 57,83% (IC 95%: 47,09- 66,96), similar a los no obesos. El 60% tenia algun grado de esofagitis erosiva, varices esofagicas en 2 pacientes y GIST en 1 paciente. Ninguno tuvo atrofia severa (OLGA III o IV). Conclusion: todos los pacientes tenian alguna alteracion en la endoscopia. De estos, 2 pacientes tenian varices esofagicas. La prevalencia de H. pylori es similar a la de los no obesos. Se recomienda endoscopia alta de rutina en todos los pacientes antes BPGYR.

Impacto de las medidas generales en el tratamiento del reflujo gastroesofágico: una revisión basada en la evidencia

Contexto: la enfermedad por reflujo gastroesofagico (ERGE) es una patologia muy prevalente en adultos que altera la calidad de vida. Se han investigado multiples tratamientos, algunos de ellos son cambios en el estilo de vida, dado que se han descrito algunos factores de riesgo asociados. El cambio en el estilo de vida es recomendado, sin embargo la evidencia que la soporta es controvertida y escasa. Objetivo: estimar el impacto que tienen los cambios en el estilo de vida en los pacientes con ERGE. Metodologia: se realizo un busqueda sistematica de la literatura en 3 bases de datos (PubMed, ScienceDirect y Embase) y se utilizaron las palabras claves “gastroesophagueal reflux”, “heartburn”, “bed head elevation”, “Carbonated Beverages”, “mint”, “cacao”, “citrus”, “alcohol drinking”, “caffeine”, “coffee”, “late-evening meal”, “spicy food”, “fatty foods”, “obesity”, “weight loss”, “exercise” y “Smoking Cessation”. Se incluyeron ensayos clinicos controlados y estudios de cohortes prospectivos que hayan estudiado una intervencion en el estilo de vida sobre y evaluado su efecto sobre la ERGE. Resultados: se encontraron 2731 articulos, de los cuales 15 fueron incluidos para ser analizados. Suspender algunos alimentos o bebidas como la menta, el chocolate, citricos, bebidas carbonatadas, co- midas grasas y picantes para mejorar la clinica de la ERGE carece de evidencia. Tomar cafe descafeinado podria disminuir la cantidad de reflujo. Dejar de fumar se asocio con mejoria de la sintomatologia. El horario de la comida en la noche puede alterar algunos parametros de la pH-metria pero no modifico los sintomas. Algunos ejercicios, principalmente respiratorios podrian mejorar la sintomatologia. La elevacion de la cabe- cera de la cama y disminuir de peso en pacientes en sobrepeso/obesos tienen evidencia a favor de la mejoria de los sintomas, sin embargo cuentan con evidencia en contra y limitaciones metodologicas. Conclusion: los cambios en el estilo de vida para mejorar la ERGE no cuentan con evidencia adecuada, existen principalmente ensayos clinicos no controlados o estudios observacionales. Se necesitan mas ensa- yos clinicos y de mejor calidad para definir el impacto de estas medidas en la ERGE.